Jízda na vlně schválení pro Vázquez je úspěšné levostředové vlády, Mujica hledal a získal nominaci jako EP-FA kandidát na prezidenta ve volbách v roce 2009; jedním z jeho hlavních konkurentů, Danilo Astori, kolega senátor a bývalý ministr financí, nakonec se připojil lístek jako vice kandidát na prezidentský úřad., Během kampaně, Mujica byl favorit, ale jeho partyzánské minulosti, který byl v úsilí, aby byla show dobře za ním míchá spor, stejně jako jeho veřejná kritika vůdců některých dalších zemí Jižní Ameriky, včetně Argentiny a Venezuely. I když EP-FA udržela parlamentní většinu v hlasování 25. října, Mujica není bezpečné 50 procent plus jedna akcie hlasování nutné, aby se zabránilo rozhodujících volbách na prezidentský úřad., V odtoku, který se konal 29. Listopadu, Mujica porazil bývalého prezidenta Luise Lacalle Herrera z Národní strany (Blanco) a nastoupil do úřadu 1.března 2010.
Pod Mujica vedení Uruguayské ekonomiky i nadále prosperovat, vysílání konzistentní růst HDP a HDP na obyvatele při zachování nízké míry nezaměstnanosti. V této souvislosti jeho administrativa zavedla progresivní legislativu, která změnila Uruguayskou sociální krajinu. V červnu 2012 Mujica navrhla, aby vláda legalizovala a distribuovala marihuanu, aby omezila příjmy prodejcům drog., V listopadu pak byl ve Sněmovně reprezentantů představen návrh zákona, který stanoví rámec pro vládní regulaci produkce marihuany, prodeje a spotřeby. Do konce prosince 2013 Sněmovna a Senát zákon schválily a Mujica ho podepsal do zákona. V říjnu 2012 Uruguay se stala první jihoamerická země povolit potraty do 12. týdne těhotenství, a v Květnu 2013 Mujica podepsal zákon, který udělal Uruguay druhou zemí v latinské Americe legalizovat stejný-manželství sexu., Mujica byl ústavně zakázáno, kteří hledají druhé, po sobě jdoucí funkční období, ale v mnohem stejným způsobem, že jel do předsednictví o goodwillu vytvořeného Vázquez režim, on byl schopný se vrátit laskavost, jako popularita Mujica je pravidlo vydláždil cestu pro Vázquez je vítězství nad Národní Strany Luis Lacalle Pou (syn Mujica je soupeř v roce 2009) v listopadu 2014 prezidentské rozhodujících volbách. Mujica opustil úřad následující rok.