během napoleonských válek v Evropě začaly španělské kolonie Nového světa spravovat své vlastní záležitosti., Rostoucí autonomie, nakonec vyústil v přechod k nezávislosti, a Spojené Provincie Río de la Plata, dnes známý jako Argentina, vyhlásila svrchovanost v rámci horizontální trikolóra modro-bílo-modrá. Tuto osvobozeneckou vlajku nesl vojevůdce Luís Aury do Karibiku v roce 1818. Přestože letěla jen krátce nad ostrovy Santa Catalina u pobřeží Střední Ameriky, vlajka inspirovala španělské subjekty v oblasti, které hledaly svou svobodu., Nezávislost Střední Ameriky byla poprvé vyhlášena 15. Září 1821 a byla znovu potvrzena po dvou letech mexické vlády v roce 1823. Vůdcem hnutí proti mexické vládě byl plukovník Manuel José Arce ze Salvadoru. Jeho vlajka modro-bílo-modré vodorovné pruhy dostalo požehnání v kostele San Salvador na 20. února 1822, a nakonec se stal národní vlajka Spojených Provincií Střední Ameriky.
poté, co Spojené provincie Střední Ameriky pronikly do pěti samostatných zemí, Salvador nadále používal svou vlajku až do roku 1865., Poté, po více než čtyři desetiletí, byla použita jiná národní vlajka, která připomínala hvězdy a pruhy Spojených států. 15. září 1912 však byla znovu zavedena modro-bílo-modrá vlajka. S drobnými úpravami (nejpozději v září 1972) stojí dnes jako připomínka středoamerické jednoty. Erb uprostřed vlajky připomíná znak používaný bývalou středoamerickou federací a obsahuje národní motto „Dios, unión, libertad“(„Bůh, unie, svoboda“). Podívejte se také na historii vlajky Guatemaly, Nikaraguy, Kostariky a Hondurasu.