Ratsastus aalto hyväksynnän Vázquez on onnistunut keskusta-vasemmistolainen hallitus, Mujica hankki ja voitti nimitys kuin EP-FA: n presidenttiehdokas vuoden 2009 vaaleissa; yksi hänen päällikkö kilpailijat, Danilo Astori, mies, senaattori ja entinen valtiovarainministeri, lopulta liittyi lippujen kuten varapuheenjohtaja presidenttiehdokas., Kampanjan aikana, Mujica oli front-runner, mutta sissisota aiemmin—jossa hän oli innokkaasti näyttää, oli hyvin hänen takanaan—herätti kiistaa, samoin kuin hänen julkinen kritiikki johtajat joidenkin muiden Etelä-Amerikan maiden, kuten Argentiina ja Venezuela. Vaikka EP-FA säilytti eduskunnan enemmistö äänestää 25. lokakuuta, Mujica ei kiinnitä 50 prosenttia plus yksi osake äänistä tarpeen estää valumia vaaleissa puheenjohtajakaudella., Marraskuun 29.päivänä pidetyssä pakomatkalla Mujica kukisti kansallisen (Blanco) puolueen entisen presidentin Luis Lacalle Herreran ja astui virkaansa 1. Maaliskuuta 2010.
Alle Mujica johto Uruguayn talous jatkoi kukoistaa, lähettämistä johdonmukainen kasvu BKT: n ja BKT asukasta kohti säilyttäen alhainen työttömyysaste. Tätä taustaa vasten hänen hallintonsa otti käyttöön edistyksellisen lainsäädännön, joka muutti Uruguayn sosiaalista maisemaa. Kesäkuussa 2012 Mujica ehdotti, että hallitus laillistaa ja jakaa marihuana leikata pois tuloja huumekauppiaita., Sitten marraskuussa edustajainhuoneessa esiteltiin lakiesitys, jossa hahmoteltiin puitteet valtion sääntelylle marihuanan tuotannosta, myynnistä ja kulutuksesta. Joulukuun 2013 loppuun mennessä edustajainhuone Ja senaatti olivat hyväksyneet lakiesityksen, ja Mujica oli allekirjoittanut sen lakiin. Lokakuussa 2012 Uruguay oli tullut ensimmäinen Etelä-Amerikan maa, joka salli abortin jopa 12 viikkoa raskauden, ja Toukokuussa 2013 Mujica allekirjoitti lakiesityksen, joka teki Uruguayn toinen latinalaisen Amerikan maa, joka laillistaa samaa sukupuolta olevien avioliitot., Mujica oli perustuslaissa kielletty etsivät toisen peräkkäisen aikavälillä, mutta paljon samalla tavalla, että hän oli ratsastanut osaksi puheenjohtajavaltion liikearvo syntyy Vázquez hallinnon, hän pystyi palaamaan puolesta, koska suosio Mujica on sääntö tietä Vázquez on voittaa Kansallisen Puolueen Luis lacalle murhattiin Pou (poika Mujica on vastustajan 2009) marraskuu 2014 presidentin valumavesien vaaleissa. Mujica jätti tehtävänsä seuraavana vuonna.