Napoleonin Sotien Aikana Euroopassa, espanjan siirtomaita New World alkoi hallinnoida omia asioitaan., Kasvava autonomia johtivat lopulta siirtyä kohti itsenäisyyttä, ja Yhdistyneen Maakunnat Río de la Plata, tänään tunnetaan Argentiina, julisti sen suvereniteettia vaakasuuntaista tricolour sininen-valkoinen-sininen. Kaappari Luís Aury kuljetti vapautuslipun Karibialle vuonna 1818. Vaikka se lensi vain lyhyesti yli Santa Catalinan Saarten rannikolla Keski-Amerikan lipun innoittamana espanjan aiheita alueella, jotka etsivät vapautta., Keski-Amerikan itsenäistyminen julistettiin ensimmäisen kerran 15. syyskuuta 1821, ja se vahvistettiin kahden vuoden Meksikon vallan jälkeen vuonna 1823. Meksikon vallan vastaisen liikkeen johtaja oli El Salvadorin eversti Manuel José Arce. Hänen lipun sininen-valkoinen-sininen vaakasuora raidat oli antanut siunauksen kirkko San Salvador 20. helmikuuta 1822, ja lopulta tuli kansallisen lipun Yhdistyneen Maakunnat Keski-Amerikassa.
sen jälkeen kun Keski-Amerikan Yhdistyneet maakunnat murtautuivat viiteen erilliseen maahan, El Salvador jatkoi lippunsa käyttöä vuoteen 1865 saakka., Sen jälkeen käytettiin yli neljän vuosikymmenen ajan erilaista kansallislippua, joka muistutti Yhdysvaltain tähtiä ja raitoja. Syyskuuta 1912, mutta sinivalkoinen lippu otettiin uudelleen käyttöön 15. Pienin muutoksin (viimeisin syyskuussa 1972) se on nykyään muistutus Keski-Amerikan yhtenäisyydestä. Vaakuna keskellä lippu muistuttaa, että käytetty entisen Keski-Amerikan federaation ja sisältää kansallisen motto ”Dios, unión, libertad” (”Jumala, unionin, liberty”). Katso myös Guatemalan, Nicaraguan, Costa Rican ja Hondurasin lippuhistoriat.