Koska luonteeltaan täydentäviä pohja-parinmuodostuksen nukleiinihapon polymeerit, kaksinkertaisen-pulaan DNA-molekyyli koostuu kahdesta osa-sekvenssit, jotka ovat käänteinen täydentää toisiaan. Auttaa molekyylibiologeja nimenomaan tunnistaa kunkin lohkon erikseen, kaksi säikeet ovat yleensä eriytetty, kuten ”tunne”, strand ja ”antisense” strand., Yksilön DNA: ta kutsutaan positiivinen-merkityksessä (myös positiivinen (+) tai yksinkertaisesti merkityksessä), jos sen nukleotidin sekvenssi vastaa suoraan sekvenssin RNA-transkriptio, joka on käännetty tai käännettävissä osaksi sekvenssin aminohappoja (edellyttäen, että tymiini emäkset DNA-sekvenssi on korvattu urasiililla tukikohdat RNA-sekvenssi). Muut lohkon kaksinkertaisen-pulaan DNA-molekyylin kutsutaan negatiivinen-merkityksessä (myös negatiivinen (-) tai antisense), ja on käänteinen täydentää sekä myönteisiä-mielessä strand ja RNA transkriptio., Se on oikeastaan antisense strand, jota käytetään mallina, josta RNA-polymerases rakentaa RNA-transkriptio, mutta toisiaan täydentäviä pohja-pariksi, jonka nukleiinihapon polymerointi tapahtuu, tarkoittaa sitä, että sekvenssin RNA-transkriptio näyttää identtinen tunne strand, lukuun ottamatta RNA transkriptio käyttää urasiili sen sijaan, tymiini.
Joskus lauseita koodaus strand ja malli strand kohdataan paikka sense ja antisense, vastaavasti, ja yhteydessä kaksinkertaisen-pulaan DNA-molekyyli käyttö näitä ehtoja on olennaisesti vastaava., Koodaus – / sense-juosteen ei kuitenkaan aina tarvitse sisältää koodia, jota käytetään proteiinin valmistukseen; sekä proteiinikoodaus että Koodaamaton RNAs voidaan transkriboida.
termit ”järkeä” ja ”antisense” ovat suhteellisia vain erityisesti RNA-transkriptio kyseessä, eikä DNA-juosteen kokonaisuutena. Toisin sanoen, joko DNA-juoste voi toimia tunne tai antisense strand. Useimmat organismien kanssa riittävän suuri genomien käyttää sekä lohkoon, jossa jokainen lohko toimii kuten malli strand eri RNA selostukset eri paikoissa samoilla DNA-molekyylin., Joissakin tapauksissa, RNA selostukset voi olla litteroitiin molempiin suuntiin (eli joko strand) yhteinen promoottori alueella, tai olla litteroitiin sisällä intronit joko strand (katso ”ambisense” alla).
Antisense DNAEdit
DNA mielessä strand näyttää siltä, messenger-RNA (mRNA) transkriptio, ja siksi sitä voidaan käyttää lukemaan odotettavissa kodonissa sekvenssi, joka lopulta käytetään aikana käännös (proteiinisynteesiä) rakentaa aminohappo järjestyksessä ja sitten proteiini., Esimerkiksi, sekvenssi ”ATG” sisällä DNA mielessä strand vastaa ”AUG” kodonissa mRNA, joka koodit aminohappoja metioniini. Kuitenkin, DNA-mielessä strand itsessään ei ole käytetty malli mRNA; se on DNA antisense strand, joka toimii lähde proteiinia koodi, koska emäkset täydentäviä DNA mielessä strand, sitä käytetään mallina mRNA: ta. Koska transkriptio johtaa DNA-mallilohkoa täydentävään RNA-tuotteeseen, mRNA täydentää DNA-antisense-juostetta.,
Kaavio osoittaa, miten antisense DNA-säikeet voivat häiritä valkuaisaineiden translaation
Näin ollen pohja kolmikon 3′-TAC-5′ DNA antisense strand (täydentävät 5-ATG-3′ DNA mielessä strand) käytetään malli, joka johtaa 5′-AUG-3′ base kolmikon mRNA. DNA mielessä strand on kolmikon ATG, joka näyttää vastaavia mRNA kolmikon AUG mutta ei olla käytetty tehdä metioniini, koska sitä ei voida suoraan käyttää mRNA: ta., DNA mielessä strand on nimeltään ”järkeä” strand ei, koska se voidaan tehdä proteiinia (se ei ole), mutta koska se on sekvenssi, joka vastaa suoraan RNA: n kodoni järjestyksessä. Tällä logiikalla itse RNA-transkriptiota kuvataan joskus ”aistiksi”.,
Esimerkki double-stranded DNAEdit
DNA ohjelmalohko 1: antisense strand (kirjoittaa) → RNA strand (tunne) DNA-säikeen 2: tunne lohkon
Jotkut alueet kaksinkertaisen-pulaan DNA-molekyyli koodi geenejä, jotka ovat yleensä ohjeet, joissa määritetään järjestys, jossa aminohapot ovat kokoontuneet tekemään proteiineja, sekä sääntelyn sekvenssit, liittämiseen sivustoja, ei-koodausta intronit, ja muut-geenin tuotteita. Solu käyttää tätä tietoa, yhden lohkon DNA toimii mallina synteesi täydentäviä strand RNA., Litteroitu DNA-ketju on nimeltään malli strand, jossa antisense järjestyksessä, ja mRNA: n transkriptio valmistettu sen on sanottu olevan järkeä järjestyksessä (täydentää antisense). Se untranscribed DNA-säikeen, joka täydentää puhtaaksi strand, on myös sanonut, että on järkevää järjestyksessä; se on sama tunne järjestyksessä kuin mRNA: n transkriptio (vaikka T emäkset DNA on substituoitu U emäkset RNA).
| 3’CGCTATAGCGTTT 5′ | DNA antisense strand (malli/noncoding) | Käyttää mallina transkriptio., |
| 5′GCGATATCGCAAA 3′ | DNA sense strand (nontemplate/coding) | Complementary to the template strand. |
| 5′GCGAUAUCGCAAA 3′ | mRNA sense transcript | RNA strand that is transcribed from the noncoding (template/antisense) strand. Note1: Except for the fact that all thymines are now uracils (T → U), it is complementary to the noncoding (template/antisense) DNA strand and identical to the coding (nontemplate/sense) DNA strand., |
| 3’CGCUAUAGCGUUU 5′ | mRNA: n antisense transkriptio | RNA-juosteen, joka on transkriptoitu koodaus (nontemplate/sense) strand. Huomautus: Lukuun ottamatta sitä, että kaikki thymines ovat nyt uracils (T → U), se täydentää koodaus (nontemplate/sense) DNA strand ja identtinen noncoding (malli/antisense) DNA-strand., |
nimet kullekin lohkon oikeastaan riippuu siitä, mihin suuntaan olet kirjallisesti sekvenssi, joka sisältää tiedot proteiineja (”mielessä” tietoa), ei siitä, mikä säie on kuvattu ”ylhäällä” tai ”alhaalla” (joka on mielivaltainen)., Ainoa biologista tietoa, joka on tärkeää merkintöjä säikeet on suhteellinen sijainnit terminaalin 5′ – fosfaatti ryhmä ja terminaali 3′ hydroksyyli-ryhmä (päissä strand tai sarjan osalta), koska nämä loppuu määrittää suunnan, transkriptio ja käännös. Sekvenssi kirjoitettu 5′-CGCTAT-3′ vastaa järjestyksessä kirjoitettu 3′-TATCGC-5′ niin kauan kuin 5′ – ja 3′ – päät ovat huomattava. Jos päät eivät ole merkitty, convention on olettaa, että molemmat sekvenssit on kirjoitettu 5′-to-3′ suuntaan., ”Watson strand” viittaa 5′-ja 3′ top strand (5’→3′), kun taas ”Crick strand” viittaa 5′-ja 3′ pohja strand (3’←5′). Sekä Watson että Crick säikeet voivat olla joko järkeä tai antisense säikeet riippuen tietyn geenituotteen valmistettu niistä.,
esimerkiksi merkintä ”YEL021W”, alias URA3-geenin käytetään National Center for Biotechnology Information (NCBI) – tietokannan, tarkoittaa, että tämä geeni on 21 open reading frame (ORF) alkaen sentromeeri vasen käsi (L), Hiiva (Y) kromosomi numero V (E), ja että ilmaisu koodaus strand on Watson strand (W). ”YKL074C” tarkoittaa 74 ORF vasemmalla sentromeeri sekä kromosomin XI ja että koodaus strand on Crick strand (C). Toinen hämmentävä termi viittaa ”Plus” ja ”Miinus” strand on myös laajalti käytetty., Olipa juoste sense (positiivinen) tai antisense (negatiivinen), NCBI BLAST linjauksen oletuskyselyjärjestys on ”Plus” strand.