Vázquez sikeres balközép kormányának jóváhagyási hullámán Mujica a 2009-es választásokon EP-FA elnökjelöltjeként keresett és nyert jelölést; egyik fő vetélytársa, Danilo Astori, egy szenátortárs és volt pénzügyminiszter végül alelnökjelöltként csatlakozott a jegyhez., A kampány során Mujica volt a befutó, de gerillamos múltja – amelyet nagyon szeretett volna megmutatni-vitát váltott ki, csakúgy, mint néhány más dél-amerikai ország, köztük Argentína és Venezuela vezetőivel szembeni nyilvános kritikája. Bár az EP-FA megtartotta parlamenti többségét az október 25-i szavazáson, Mujica nem biztosította az 50 százalékos plusz egy részét az elnökválasztás lefolyásának megakadályozásához szükséges szavazásnak., A November 29-én tartott futásban Mujica legyőzte Luis Lacalle Herrera volt elnököt a Nemzeti (Blanco) pártból, majd 2010.március 1-jén hivatalba lépett.
Mujica vezetése alatt Az Uruguayi gazdaság továbbra is virágzott, a GDP és az egy főre jutó GDP következetes növekedését eredményezve, miközben alacsony munkanélküliségi rátát tartott fenn. Ennek fényében kormánya progresszív jogszabályokat vezetett be, amelyek megváltoztatták Uruguay társadalmi helyzetét. 2012 júniusában Mujica azt javasolta, hogy a kormány legalizálja és terjessze a marihuánát a kábítószer-kereskedők bevételeinek csökkentése érdekében., Aztán novemberben törvényjavaslatot vezettek be a Képviselőházban, amely felvázolja a marihuána termelésének, értékesítésének és fogyasztásának kormányzati szabályozásának keretét. 2013. December végére a ház és a Szenátus elfogadta a törvényjavaslatot, Mujica pedig törvénybe iktatta. 2012 októberében Uruguay lett az első dél-amerikai ország, amely lehetővé tette az abortuszokat a terhesség 12. hetéig, 2013 májusában Mujica aláírta azt a törvényjavaslatot, amely Uruguayt Latin-Amerika második országává tette az azonos neműek házasságának legalizálására., Mujica volt alkotmányosan tiltott keres második, egymást követő kifejezés, de ugyanúgy divat, hogy ő lovagolt be az elnökség a goodwill keletkezett a Vázquez rezsim volt képes viszonozni a szívességet, mint a népszerűség Mujica szabálya kikövezte az utat a Vázquez győzelme a Nemzeti Párt Luis Lacalle Pou (fia Mujica ellenfele 2009-ben) a November 2014 elnöki második választást kell tartani. Mujica a következő évben elhagyta irodáját.