Sense (molekuláris biológia)

a nukleinsav polimerek közötti bázispárosítás kiegészítő jellege miatt a kettős szálú DNS-molekula két szálból áll, amelyek egymás fordított kiegészítései. Annak érdekében, hogy a molekuláris biológusok külön-külön azonosítsák az egyes szálakat, a két szálat általában “érzékelési” szálként és “antiszenzív” szálként különböztetik meg., Az egyes DNS-szálat pozitív értelemben (pozitív (+) vagy egyszerűen értelemben is) nevezik, ha nukleotidszekvenciája közvetlenül megfelel egy RNS-átirat szekvenciájának, amelyet aminosavak szekvenciájára fordítanak vagy transzlálnak (feltéve, hogy a DNS-szekvencia bármely timinbázisát uracil-bázisokkal helyettesítik az RNS-szekvenciában). A kettős szálú DNS-molekula másik szálát negatív értelemben (szintén negatív (-) vagy antisense) nevezik, és fordított kiegészíti mind a pozitív értelemben vett szálat, mind az RNS-átiratot., Ez valójában az antiszensz szál használható, mint a sablon, amely RNS polimeráz építeni az RNS-átirat, de a kiegészítő alap-párosítás, amely nukleinsav-polimerizáció lép fel, azt jelenti, hogy a sorrend az RNS-átiratot fog kinézni azonos az értelemben, strand, eltekintve az RNS-átirat használata uracil helyett thymine. Néha a mondatok kódolás két sablon strand ütközött helyett értelemben pedig antiszensz, illetve a nemzeti, valamint a kettős szálú DNS-molekula a használat ezek a feltételek lényegében egyenértékű., A kódolási / érzékelési szálnak azonban nem mindig kell tartalmaznia egy fehérjét előállító kódot; mind a fehérjekódoló, mind a nem kódoló RNS átírható.

az “értelem” és az “antisense” kifejezések csak a szóban forgó RNS-transzkriptumhoz viszonyulnak, nem pedig a DNS-szál egészéhez. Más szóval, akár a DNS-szál szolgálhat az értelemben vagy antiszenzív szálként. A legtöbb organizmusok kellően nagy genomok, hogy mindkét szál, minden egyes szál működik, mint a sablon szál különböző RNS átiratok különböző helyeken mentén ugyanazon DNS-molekula., Bizonyos esetekben az RNS-transzkriptek mindkét irányban (azaz bármelyik szálon) átírhatók egy közös promoter régióból, vagy az intronokon belül bármelyik szálon átírhatók (lásd az alábbi “ambisense” – et).

Antisense DNAEdit

a DNS sense szál úgy néz ki, mint a messenger RNS (mRNS) átirat, ezért felhasználható a várt kodon szekvencia olvasására, amelyet végül a fordítás során (fehérjeszintézis) használnak egy aminosav-szekvencia, majd egy fehérje felépítésére., Például az “ATG” szekvencia egy DNS-érzékelési szálon belül egy “AUG” kodonnak felel meg az mRNS-ben, amely kódolja az aminosav metionint. Maga a DNS-érzékelési szálat azonban nem használják az mRNS sablonjaként; ez a DNS-antiszenzív szál, amely a fehérjekód forrásaként szolgál, mert a DNS-érzékelési szálat kiegészítő bázisokkal az mRNS sablonjaként használják. Mivel a transzkripció a DNS-sablonszálat kiegészítő RNS-terméket eredményez, az mRNS kiegészíti a DNS-antiszenzív szálat.,

Ezért egy alap triplett 3′-TAC-5′ az antiszensz DNS-szál (kiegészítő az 5′-ATG-3′ a DNS értelmes szálon) használt, mint a sablon, amelynek eredményeként egy 5′-AUG-3′ alap triplett az mrns-ben. A DNS sense szál lesz a triplett ATG, amely hasonlít az mRNA triplet AUG, de nem lehet használni, hogy a metionin, mert nem fogják közvetlenül használni, hogy mRNS., A DNS-érzékelési szálat “érzékelési” szálnak nevezik, nem azért, mert fehérje előállítására használják (nem lesz), hanem azért, mert van egy szekvenciája, amely közvetlenül megfelel az RNS kodon szekvenciának. Ezzel a logikával maga az RNS-átiratot néha “értelemnek”nevezik.,

példa kettős szálú DNAEdit

DNS-szál 1: antisense szál (átírt) → RNS szál (sense) DNS-szál 2: sense strand

egyes régiók a gének kettős szálú DNS-molekulakódján belül, amelyek általában utasítások, amelyek meghatározzák az aminosavak összeállításának sorrendjét a fehérjék előállításához, valamint szabályozási szekvenciák, splicing helyek, nem kódoló intronok és más géntermékek. Ahhoz, hogy egy sejt ezt az információt felhasználhassa, a DNS egyik szála sablonként szolgál az RNS kiegészítő szálának szintéziséhez., Az átírt DNS-szálat sablonszálnak nevezik, antiszenzív szekvenciával, az abból előállított mRNS-átiratot pedig sense szekvenciának (az antiszense kiegészítésének) nevezik. Az átíratlan DNS-szálról, amely kiegészíti az átírt szálat, azt is mondják, hogy van érzékszekvenciája; ugyanolyan érzékszekvenciával rendelkezik, mint az mRNS-átirat (bár a DNS t-bázisait U-bázisokkal helyettesítik az RNS-ben).

az egyes szálakhoz rendelt nevek valójában attól függenek, hogy melyik irányba írja a fehérjékre vonatkozó információkat tartalmazó sorrendet (az “értelem” információ), nem pedig attól, hogy melyik szálat ábrázolják “a tetején” vagy “az alján” (ami önkényes)., Az egyetlen biológiai információ, ami fontos a szálak címkézéséhez, az 5′ foszfátcsoport és a 3′ hidroxilcsoport terminálja relatív elhelyezkedése (a szóban forgó szál vagy szekvencia végein), mivel ezek a végek határozzák meg a transzkripció és a fordítás irányát. Egy 5′-CGCTAT-3′-os szekvencia egyenértékű egy 3′-TATCGC-5 ‘- es szekvenciával, amíg az 5′ és 3′ – os végek meg nem jelennek. Ha a végeket nem jelöljük meg, az egyezmény azt feltételezi, hogy mindkét szekvencia 5′-to-3′ irányba van írva., A ” Watson-szál “5′-3′ Felső szálra utal (5’→3′), míg a” Crick-szál “az 5′-3′ alsó szálra (3’←5’) utal. Mind a Watson, mind a Crick szálak lehetnek érzékszervi vagy antiszenzív szálak, attól függően, hogy milyen génterméket készítenek belőlük.,

például a “YEL021W” jelölés, az Országos Biotechnológiai Információs Központ (NCBI) adatbázisában használt URA3 gén álneve azt jelzi, hogy ez a gén a v (e) kromoszóma bal karjának (l) centromere 21.nyílt olvasási keretében (ORF) található, és hogy a kifejezés kódolási szál a Watson szál (W). Az “YKL074C” a XI.kromoszóma centromere bal oldalán található 74. ORF-et jelöli, a kódoló szál pedig a Crick szál (C). Egy másik, a “plusz” és a “mínusz” szálra utaló zavaró kifejezést is széles körben használják., Függetlenül attól, hogy a szál sense (pozitív) vagy antisense (negatív), az NCBI BLAST igazítás alapértelmezett lekérdezési sorrendje “plusz” szál.