A Kongói-medence emberi történelmét az erdőkkel és a szavannák erdőségeivel való kapcsolatuk határozza meg. Ahogy az ősi hominidák kiköltöztek az erdőből, és egyenes testtartást alakítottak ki a magas fű felett, az emberi faj Közép-Afrikában született. A Kongói-medence egész területén a szavanna apró foltjait az őskori emberi településekkel együtt megfigyelik, és úgy gondolják, hogy szándékos égés maradványai., Más erdős területek faszénmaradványai az emberi települések összeomlását vagy elhagyását, valamint az ezt követő erdőtelepítést jelzik. Érdekes, hogy a gazdag talaj ezen területei közül sok az afrikai mahagóni sűrű populációinak ad otthont. A Kongói esőerdők nagy része hagyományosan erdei vadászó-gyűjtögető és Bantu mezőgazdasági termelőknek ad otthont.,
Közép-Afrika erdős tájain is az őslakos populációk évezredek óta gyakorolják a változó termesztést; a változó termesztést gyakorló törzsek közül sok a Bantu népből származik, eredetileg Nyugat-Afrikából. A Kongói-medence számos pontján a mezőgazdasági emberek állománya nőtt és csökkent az erdő-és szavanna-ökoszisztémák áramlásával párhuzamosan., A megnövekedett népesség idején az erdőterület visszahúzódott, mivel az emberi populációk tüzet gyújtottak a szavanna és a vadászat fenntartására, míg a népesség csökkenése idején, akár éhínség, betegség, háború vagy éghajlati viszonyok miatt, az erdők gyakran bővültek. További információ a történelmi erdő használatáról, lásd a hagyományos emberek oldalt.
A Kongói Királyság az 1300-as évek végétől az 1800-as évekig uralta a Kongó folyó torkolatának területét. a Királyság későbbi évszázadaiban Portugália részben alávetette magát a kormányzásnak (Angola, közvetlenül délre, portugálul beszél)., Más európai települések nagyrészt a Kongói-medence peremén laktak – Nyugat-Afrika és Kelet-Afrika Brit gyarmatoknak adott otthont, a francia Egyenlítői Afrika pedig Brazziville – Kinsasha-ban, a portugáloktól északra. A közép-Kongói-medence sűrű erdőit ritkán fedezték fel az 1800-as évek közepén a brit felfedezők hullámáig: David Livingston, Richard Burton, Henry Morton Stanley és mások. Míg Nagy-Britannia gyarmati birodalmát a világ más részeire összpontosította, a belga uralkodó lett a leginkább érdekelt a Kongói-medencében., Lipót belga király 1885-ben, a berlini konferencia keretében sikeres diplomácia és tárgyalások révén elnyerte a Kongói régió irányítását. A gyarmatbirodalom megteremtése érdekében Leopold létrehozta a Kongói Szabad államot, amely elefántcsont, természetes gumi és egyéb természeti erőforrások kiaknázására szolgál. Uralkodásának brutális körülményei nemzetközi felháborodáshoz vezettek, a régiót Belgium kormánya csatolta, és 1908-tól 1960-ig Belga Kongó kormányzója volt. A belga Kongói uralkodók kibővítették a gumi kereskedelmét a brazil gumifák ültetvényeiből., Az olajpálma a Belga Kongó kezdete óta is fontos kereskedelmi termék volt; az Unilever cég szappangyártása a Kongó-medencéből származó olajpálmával kezdődött. A második világháborút követő években Afrika nagy része függetlenné vált; 1960-ban a Közép-Afrikai Nemzetek függetlenséget kaptak Franciaországtól és Belgiumtól.