Durante le guerre napoleoniche in Europa, le colonie spagnole del Nuovo Mondo iniziarono ad amministrare i propri affari., La crescente autonomia alla fine portò al passaggio verso l’indipendenza, e le Province unite del Río de la Plata, oggi note come Argentina, proclamarono la propria sovranità sotto un tricolore orizzontale di blu-bianco-blu. Quella bandiera di liberazione fu portata dal corsaro Luís Aury ai Caraibi nel 1818. Anche se ha volato solo brevemente sopra le isole di Santa Catalina al largo della costa dell’America Centrale, la bandiera ispirato soggetti spagnoli nella zona che stavano cercando la loro libertà., L’indipendenza dell’America Centrale fu proclamata per la prima volta il 15 settembre 1821 e fu riaffermata, dopo due anni di dominio messicano, nel 1823. Il leader del movimento contro il dominio messicano era il colonnello Manuel José Arce di El Salvador. La sua bandiera di strisce orizzontali blu-bianco-blu fu benedetta nella chiesa di San Salvador il 20 febbraio 1822, e alla fine divenne la bandiera nazionale delle Province unite dell’America centrale.
Dopo che le Province unite dell’America Centrale si divisero in cinque paesi separati, El Salvador continuò ad usare la sua bandiera fino al 1865., Poi, per più di quattro decenni, è stata usata una bandiera nazionale diversa, che assomigliava alle stelle e strisce degli Stati Uniti. Il 15 settembre 1912, tuttavia, la bandiera blu-bianco-blu fu reintrodotta. Con piccole modifiche (l’ultima nel settembre 1972), si erge oggi come un promemoria dell’unità centroamericana. Lo stemma al centro della bandiera ricorda quello usato dall’ex federazione centroamericana e include il motto nazionale “Dios, unión, libertad” (“Dio, unione, libertà”). Vedi anche le storie di bandiera di Guatemala, Nicaragua, Costa Rica e Honduras.