Cavalcando un’ondata di approvazione per il successo del governo di centro-sinistra di Vázquez, Mujica ha cercato e ottenuto la nomination come candidato alla presidenza del PE-FA nelle elezioni del 2009; uno dei suoi principali concorrenti, Danilo Astori, un collega senatore ed ex ministro delle finanze, alla fine si è unito al ticket come candidato alla vicepresidenza., Durante la campagna, Mujica era il front-runner, ma il suo passato di guerrigliero—che era a fatica a mostrare era ben dietro di lui—ha suscitato polemiche, così come le sue critiche pubbliche ai leader di alcuni altri paesi sudamericani, tra cui Argentina e Venezuela. Sebbene il PE-FA abbia mantenuto la sua maggioranza parlamentare nel voto del 25 ottobre, Mujica non ha ottenuto la quota del 50% più uno dei voti necessari per impedire un ballottaggio per la presidenza., Nel ballottaggio, tenutosi il 29 novembre, Mujica ha sconfitto l’ex presidente Luis Lacalle Herrera del Partito Nazionale (Blanco) ed è entrato in carica il 1 ° marzo 2010.
Sotto la guida di Mujica l’economia uruguaiana ha continuato a prosperare, registrando una crescita costante del PIL e del PIL pro capite mantenendo bassi tassi di disoccupazione. In questo contesto, la sua amministrazione ha introdotto una legislazione progressiva che ha alterato il paesaggio sociale dell’Uruguay. Nel giugno 2012 Mujica ha proposto che il governo legalizzi e distribuisca marijuana per tagliare le entrate agli spacciatori di droga., Poi, a novembre, è stato presentato un disegno di legge alla Camera dei Rappresentanti che delinea un quadro per la regolamentazione governativa della produzione, delle vendite e del consumo di marijuana. Entro la fine di dicembre 2013, la Camera e il Senato avevano approvato il disegno di legge, e Mujica aveva firmato in legge. Nell’ottobre 2012 l’Uruguay era diventato il primo paese sudamericano a consentire aborti fino alla 12a settimana di gravidanza, e nel maggio 2013 Mujica ha firmato un disegno di legge che ha reso l’Uruguay il secondo paese dell’America Latina a legalizzare il matrimonio omosessuale., Mujica è stato costituzionalmente vietato alla ricerca di una seconda, volta consecutiva, ma, nello stesso modo che aveva cavalcato in presidenza per l’avviamento generato dall’Vázquez regime, egli era in grado di restituire il favore, come la popolarità di Mujica regola di spianato la strada per la Vázquez trionfo di oltre il Partito Nazionale Luis Lacalle Pou (il figlio di Mujica avversario nel 2009) nel mese di novembre 2014 presidenziale ballottaggio. Mujica lasciò l’incarico l’anno successivo.