Under napoleonskrigene i Europa, spanske koloniene i den Nye Verden begynte å administrere sine egne saker., Økende autonomi til slutt resulterte i farten mot uavhengighet, og de Forente Provinser i Río de la Plata, i dag kjent som Argentina, proklamerte sin suverenitet under en horisontal tricolour av blå-hvit-blå. At frigjøring flagget ble båret av pirat Luís Aury til Karibien i 1818. Selv om det fløy bare kort over Santa Catalina-Øyene utenfor kysten av Sentral-Amerika, flagget er inspirert spanske fag i området som var ute etter deres frihet., Uavhengighet i Sentral-Amerika ble først utropt på September 15, 1821, og var reasserted, etter to år med Meksikansk regel, i 1823. Leder i bevegelsen mot Meksikanske regel var Oberst Manuel José Arce i El Salvador. Hans flagg blå-hvit-blå horisontale striper ble gitt en velsignelse i kirken San Salvador på februar 20, 1822, og til slutt ble national flag de Forente Provinser i Sentral-Amerika.
Etter at de Forente Provinser i Sentral-Amerika, brøt inn i fem ulike land, El Salvador fortsatte å bruke sine flagg før 1865., Så, for mer enn fire tiår, en annen nasjonale flagget ble brukt, som lignet Stjerner og Striper i Usa. På September 15, 1912, men de blå-hvit-blå flagget ble gjeninnført. Med mindre endringer (den siste i September 1972), det står i dag som en påminnelse om Sentral-Amerikanske enhet. Våpenskjold i sentrum av flagget ligner den som brukes av den tidligere Sentral-Amerikanske føderasjon og inkluderer nasjonale motto «Dios, unión, libertad» («Gud, union, liberty»). Se også flagget historier fra Guatemala, Nicaragua, Costa Rica, og Honduras.