i Mellomtiden, myndigheter på begge sider av elven sluttet seg til føderale myndigheter å etterforske saken. Deres etterforskning førte til slutt til Joe Flachs, en gammel venn av Scott ‘ s. Flachs fortalte myndighetene at Scott hadde fortalt ham at han hadde brutt demningene, slik at han kunne strand hans kone, Suzie, på Missouri siden av elven. Suzie jobbet som servitør på en truck-stop i Taylor, Missouri. Som historien gikk, Scott ønsket å være fri til fest, fisk, og har en affære., Etterforskere senere funnet andre vitner som sa Scott skrøt om å bryte strøm på en fest etter flommen. Basert på dette bevis, Scott ble tatt til Missouri for retten i November 1994.
Scott ble prøvd under et 1979 Missouri lov som gjorde det til en forbrytelse å bevisst føre til en katastrofe. Loven, kodifisert som § 569.,070 av Missouri Reviderte Vedtekter, definert en katastrofe som «død eller alvorlig fysisk skade til ti eller flere personer, eller betydelig skade på fem eller flere bygninger eller inhabitable strukturer eller betydelig skade til en viktig offentlig anlegg som alvorlig svekker nytten eller drift.»På grunn av publisitet, rettssaken fant sted i Kirksville, 68 km (109 km) vest for west Quincy.
Aktoratet og etterforskere mente at Scott enten fjernet eller kuttet plast ark som dekker strøm, så burrowed gjennom sanden før vannet stormet inn., Forsvaret i stor grad hvilte på to jord-vitenskap eksperter som vitnet var det sterke bevis for at demningene mislyktes på grunn av naturlige årsaker: David Hammer av University of Missouri, sa at det hadde vært «noe som 11 eller 12 demningene feil» oppover elven fra Vest Quincy, og Charles Morris av University of Missouri-Rolla sa en siste-minutt beslutning om å ta i bulldosere for å støtte opp under den demningene faktisk svekket sin strukturelle integritet. Påtalemyndigheten presentert mange vitner hevder å ha hørt Scott skryte av å bryte strøm, og pekte på inkonsekvenser i hans historie.,
Etter en tre-dagers prøveversjon, juryen behandlet i fire timer og deretter dømt Scott for å forårsake en katastrofe. En måned senere, ble han dømt til 10 år til livstid i fengsel, for å løpe etter hverandre med sitt 10-års innbrudd setning i Illinois.
Scott anket, og på februar 25, 1997, Missouri Court of Appeals kastet ut overbevisning på grunn av påtalefunksjoner uredelighet. Aktoratet ikke hadde fortalt forsvaret om to vitner som angivelig hørt Scott sier han vil bevisst brutt demningene., Han ble forsøkt gjennomført på nytt i 1998, og dømt for andre gang etter tre timer med diskusjoner på April 30. Den opprinnelige setningen ble gjeninnsatt 6. juli.
Scott er for tiden soner sin dom i Jefferson City Kriminalomsorgen Center, under Missouri Department of Korrigeringer ID #1001364. I henhold til September 8, 2017 «Kriminelle» podcast-episode med tittelen «Katastrofe», som har Scott, han er kvalifisert for prøveløslatelse i 2023. Han fastholder sin uskyld.
Adam Pitluk, en tidligere journalist for Tid, skrev en bok, Fordømt og til Evighet å hevde at Scott er uskyldig.