Riding en bølge av godkjenning for Vázquez er vellykket sentrum-venstre-regjering, Mujica søkt og vant nominasjon som EP-FA er presidentkandidat i valget 2009; en av hans fremste konkurrenter, Danilo Astori, en fyr som senator og tidligere finansminister, som til slutt ble med i billetten som vice president-kandidat., Under kampanjen, Mujica var front-runner, men hans gerilja fortiden—som han var på smerter å vise var godt bak ham—rørt kontrovers, som gjorde sin offentlige kritikk av lederne av noen andre Sør-Amerikanske land, blant annet Argentina og Venezuela. Selv om EP-FA opprettholdt sitt parlamentariske flertall i avstemningen på oktober 25, Mujica ikke sikker på 50-prosent-pluss-en-andel av stemmene som er nødvendig for å hindre avrenning valget for formannskapet., I avrenning, holdt på November 29, Mujica beseiret tidligere president Luis Lacalle Herrera av den Nasjonale (Blanco) Fest og tok office 1. Mars 2010.
Under Mujica ledelse det Uruguayanske økonomien fortsatte å blomstre, legger kontinuerlig vekst i BNP og BNP per innbygger og samtidig opprettholde lav arbeidsledighet. Mot dette bakteppet, hans administrasjon innført progressive lovgivning som endret Uruguay er sosiale landskapet. I juni 2012 Mujica foreslått at regjeringen legalisere og distribuere marihuana til å kutte av inntekter til langere., Så, i November, en lov som ble innført i Representantenes Hus skisserer en ramme for offentlig regulering av marihuana produksjon, salg og forbruk. Ved utgangen av desember 2013, Hus og Senatet hadde gått regningen, og Mujica hadde signert den inn i loven. I oktober 2012 Uruguay hadde blitt den første Sør-Amerikanske landet å tillate abort fram til 12. uke av svangerskapet, og i Mai 2013 Mujica signerte en lov som gjorde Uruguay andre land i Latin-Amerika for å legalisere homofile ekteskap., Mujica var konstitusjonelt forbudt fra å søke en andre, påfølgende termin, men, på samme måte som han hadde ridd i formannskapet på goodwill som er generert av Vázquez-regimet, han var i stand til å gjengjelde, ettersom populariteten av Mujica regelen banet vei for Vázquez ‘ s triumf over det Nasjonale Partiet, Luis Lacalle Pou (sønn av Mujica er motstander i 2009) i November 2014 presidentvalget avrenning valg. Mujica venstre office følgende år.