på Grunn av den komplementære natur base-sammenkobling mellom nukleinsyre polymerer, en dobbel-strandet DNA-molekylet vil være sammensatt av to tråder med sekvenser som er omvendt utfyller hverandre. For å hjelpe molekylær biologi spesielt for å identifisere hver strand individuelt, de to trådene er vanligvis differensiert som «fornuft» strand » og «antisense» tråden., En individuell strand av DNA er referert til som positivt-følelse (også positive (+) eller rett og slett forstand) om sin nukleotid-sekvensen tilsvarer direkte til sekvensen av et RNA-transkript som er oversatt, eller å oversette til en sekvens av aminosyrer (forutsatt at innhold av tymin baser i DNA-sekvensen er byttet ut med uracil baser i RNA-sekvens). Den andre strand av dobbel-strandet DNA-molekylet er referert til som negative-følelse (også negativ (-) eller antisense), og er omvendt komplementære til både den positive forstand strand og RNA-transkript., Det er faktisk antisense strand som er brukt som mal som RNA polymerases konstruere RNA-transkript, men komplementære base-sammenkobling av som nukleinsyre polymerisering oppstår betyr at sekvensen av RNA-transkript vil se identisk med den forstand strand, bortsett fra RNA-transkript bruk av uracil i stedet for innhold av tymin.
noen Ganger setninger coding strand og mal strand er oppstått i stedet for sense og antisense, henholdsvis, og i sammenheng med en dobbel-strandet DNA-molekylet bruken av disse vilkårene er i hovedsak tilsvarende., Imidlertid, koding/følelse strand trenger ikke alltid inneholde en kode som brukes til å lage et protein, både protein-kodende og ikke-kodende RNAs kan bli transkribert.
begrepet «fornuft» og «antisense» er relative bare til spesielle RNA-transkript i spørsmålet, og ikke til DNA-tråden som en helhet. Med andre ord, enten DNA-strand kan tjene som den forstand eller antisense strand. De fleste organismer med tilstrekkelig store genomer gjøre bruk av begge deler, med hver strand fungerer som mal strand for ulike RNA-transkripter i forskjellige steder langs den samme DNA-molekylet., I noen tilfeller, RNA transkripsjoner kan bli transkribert i begge retninger (dvs. enten strand) fra en felles promoter-regionen, eller bli transkribert fra innen introns på enten strand (se «ambisense» nedenfor).
Antisense DNAEdit
DNA-følelse strand ser ut som budbringer-RNA (mRNA) transkripsjonen, og kan derfor brukes til å lese den forventede codon sekvens som til slutt vil bli brukt under oversettelse (proteinsyntese) til å bygge en aminosyresekvens og deretter et protein., For eksempel sekvensen «ATG» innen en DNA-følelse strand tilsvarer en «AUGUST» codon i mRNA som koder for aminosyren metionin. Men DNA-følelse strand i seg selv er ikke brukt som mal for mRNA, det er DNA antisense strand som fungerer som kilde for protein-kode, fordi, med baser som er komplementære til DNA-følelse strand, den brukes som en mal for mRNA. Siden transkripsjon resultater i et RNA-produktet som er komplementære til de DNA-templat strand, mRNA er komplementær til DNA antisense strand.,
Illustrasjon som viser hvordan antisense DNA-tråder kan forstyrre protein oversettelse
Derfor, en base trilling 3′-TAC-5′ i DNA antisense strand (komplementær til 5′-ATG-3′ av DNA-følelse strand) brukes som mal som resulterer i en 5′-AUG-3′ base trilling i mRNA. DNA-følelse strand vil ha trilling ATG, som ser ut til mRNA trilling AUG men vil ikke bli brukt til å gjøre metionin, fordi det ikke vil være direkte brukt til å lage mRNA., DNA-følelse strand kalles en «følelse» strand ikke fordi det vil bli brukt til å lage protein (det vil ikke være), men fordi det har en rekkefølge som svarer direkte til RNA codon rekkefølge. Etter denne logikken, RNA-transkript i seg selv er noen ganger beskrevet som «fornuft».,
Eksempel med dobbel-strandet DNAEdit
DNA-strand 1: antisense strand (transkribert til) → RNA strand (følelse) DNA-strand 2: fornuft strand
Noen regioner innenfor en dobbel-strandet DNA-molekylet koden for gener, som er vanligvis instruksjonene for å angi rekkefølgen av aminosyrer som er satt sammen for å lage proteiner, samt regulatoriske sekvenser, skjøting nettsteder, ikke-koding introns, og andre genet produkter. For en celle å bruke denne informasjonen, en strand av DNA fungerer som en mal for syntese av en utfyllende strand av RNA., Den transkriberte DNA-strand kalles mal strand, med antisense rekkefølge, og mRNA-transkripter produsert fra det sies å være fornuftig rekkefølge (bemanning av antisense). Den untranscribed DNA-strand, som er komplementære til de transkriberte strand, sies også å ha fornuftig rekkefølge, og den har samme følelse sekvensen som mRNA transkript (selv om T baser i DNA er erstattet med U baser i RNA).
| 3’CGCTATAGCGTTT 5′ | DNA antisense strand (mal/noncoding) | Brukes som en mal for transkripsjon., |
| 5′GCGATATCGCAAA 3′ | DNA sense strand (nontemplate/coding) | Complementary to the template strand. |
| 5′GCGAUAUCGCAAA 3′ | mRNA sense transcript | RNA strand that is transcribed from the noncoding (template/antisense) strand. Note1: Except for the fact that all thymines are now uracils (T → U), it is complementary to the noncoding (template/antisense) DNA strand and identical to the coding (nontemplate/sense) DNA strand., |
| 3’CGCUAUAGCGUUU 5′ | antisense mRNA transkript | RNA-tråd som er transkribert fra koding (nontemplate/følelse) strand. Merk: Bortsett fra for det faktum at alle thymines er nå uracils (T → U), det er komplementær til koding (nontemplate/følelse) DNA-strand, og er identisk til noncoding (mal/antisense) DNA-strand., |
Det navn som er tilordnet til hver strand faktisk avhengig av hvilken retning du skriver sekvensen som inneholder informasjon for proteiner («sense» – informasjon), ikke på hvilken strand er avbildet som «på toppen» eller «på bunnen» (som er vilkårlig)., Den eneste biologiske informasjonen som er viktig for merking av tråder er den relative plasseringen av terminal 5′ – fosfat gruppe og terminal 3′ hydroksyl gruppe (i endene av strand-eller sekvens i spørsmålet), fordi disse endene til å bestemme retningen av transkripsjon og oversettelse. En sekvens skrevet 5′-CGCTAT-3′ er ekvivalent til en sekvens skrevet 3′-TATCGC-5′ så lenge som 5′ og 3′ endene er angitt. Hvis endene er ikke merket, konvensjonen er å anta at både sekvenser er skrevet i 5’til 3′ retning., Den «Watson strand» refererer til 5’til 3′ topp strand (5’→3′), mens den «Crick strand» refererer til 5’til 3′ nederst til strand (3’←5′). Både Watson og Crick tråder kan enten være fornuftig eller antisense tråder avhengig av den spesifikke genet produkt laget av dem.,
For eksempel, notasjonen «YEL021W», et alias for det URA3 genet som brukes i det Nasjonale Senter for Bioteknologi Information (NCBI) database, indikerer at dette genet er i det 21. open reading frame (ORF) fra centromere av venstre arm (L) av Gjær (Y) kromosom nummer V (E), og at uttrykket coding strand er Watson strand (W). «YKL074C» betegner 74th ORF til venstre for centromere av kromosom XI og at coding strand er Crick strand (C). En annen forvirrende begrep som refererer til «Pluss» og «Minus» strand er også mye brukt., Om strand er fornuftig (positiv) eller antisense (negativ), standard query sekvens i NCBI BLAST justering er «Pluss» – strand.