vanwege de complementaire aard van base-pairing tussen nucleïnezuurpolymeren, zal een dubbelstrengs DNA-molecuul bestaan uit twee strengen met sequenties die omgekeerde complementen van elkaar zijn. Om moleculaire biologen te helpen specifiek elke bundel individueel te identificeren, worden de twee bundels gewoonlijk onderscheiden als de bundel “betekenis” en de bundel “antisense”., Een individuele bundel van DNA wordt bedoeld als positief-Betekenis (ook positief ( + ) of eenvoudig betekenis) als zijn nucleotideopeenvolging direct met de opeenvolging van een RNA-transcript correspondeert die in een opeenvolging van aminozuren wordt vertaald of vertaalbaar (op voorwaarde dat om het even welke thyminebasen in de opeenvolging van DNA door uracilbasen in de opeenvolging van RNA worden vervangen). De andere bundel van de double-stranded molecule van DNA wordt bedoeld als negatief-Betekenis (ook negatief (-) of antisense), en is omgekeerd complementair aan zowel de positief-betekenis bundel als het transcript van RNA., Het is eigenlijk de antisense streng die wordt gebruikt als sjabloon van waaruit RNA-polymerasen het RNA-transcript construeren, maar de complementaire base-koppeling waardoor nucleïnezuurpolymerisatie plaatsvindt, betekent dat de volgorde van het RNA-transcript identiek zal lijken aan de zintuiglijke streng, afgezien van het gebruik van uracil in plaats van thymine in het RNA-transcript.
soms worden de zinnen die streng en template streng coderen aangetroffen in plaats van respectievelijk sense en antisense, en in de context van een dubbelstrengs DNA-molecuul is het gebruik van deze termen in wezen gelijkwaardig., Nochtans, hoeft de codage / de Betekenis bundel niet altijd een code te bevatten die wordt gebruikt om een proteã ne te maken; zowel eiwit-codeert als niet-codeert RNAs kunnen worden getranscribeerd.
De termen “sense” en “antisense” zijn alleen relatief aan het specifieke RNA-transcript in kwestie, en niet aan de DNA-streng als geheel. Met andere woorden, of de bundel van DNA kan als betekenis of antisense bundel dienen. De meeste organismen met voldoende grote genomen maken gebruik van beide bundels, met elke bundel die als malplaatje bundel voor verschillende afschriften van RNA op verschillende plaatsen langs de zelfde molecule van DNA functioneren., In sommige gevallen, kunnen de transcripten van RNA in beide richtingen (d.w.z. op één van beide streng) van een gemeenschappelijk promotorgebied worden getranscribeerd, of Van binnen introns op één van beide streng worden getranscribeerd (zie “ambisense” hieronder).
Antisense DNAEdit
de DNA-zintuiglijn lijkt op het messenger RNA (mRNA) transcript, en kan daarom worden gebruikt om de verwachte codonsequentie te lezen die uiteindelijk zal worden gebruikt tijdens de vertaling (eiwitsynthese) om een aminozuursequentie en vervolgens een eiwit op te bouwen., Bijvoorbeeld, komt de opeenvolging “ATG” binnen een bundel van de Betekenis van DNA aan een “AUG” codon in mRNA overeen, die voor het aminozuur methionine codeert. Nochtans, wordt de bundel van de Betekenis van DNA zelf niet gebruikt als malplaatje voor mRNA; het is de bundel van de antisense van DNA die als bron voor de eiwitcode dient, omdat, met basissen complementair aan de bundel van de Betekenis van DNA, het als malplaatje voor mRNA wordt gebruikt. Aangezien de transcriptie in een RNA-product complementair aan de malplaatjestreng van DNA resulteert, is mRNA complementair aan de antisense bundel van DNA.,
schema dat laat zien hoe antisense-DNA-strengen kunnen interfereren met de eiwitvertaling
daarom wordt een basistriplet 3′-TAC-5′ in de DNA-antisense-streng (complementair aan de 5′ – ATG-3′ van de DNA-sense-streng) gebruikt als sjabloon dat resulteert in een 5′ – AUG-3′ basis triplet in mRNA. De bundel van de Betekenis van DNA zal triplet ATG hebben, die gelijkaardig aan mRNA triplet AUG kijkt maar niet zal worden gebruikt om methionine te maken omdat het niet direct zal worden gebruikt om mRNA te maken., De DNA-betekenisstreng wordt een “betekenisstreng” genoemd, niet omdat het zal worden gebruikt om proteã ne te maken (dat zal het niet zijn), maar omdat het een opeenvolging heeft die direct met de opeenvolging van het codon van RNA correspondeert. Door deze logica, wordt het RNA-transcript zelf soms beschreven als “zin”.,
voorbeeld met dubbelstrengs DNAEdit
DNA-streng 1: antisense-streng (getranscribeerd naar) → RNA-streng (sense) DNA-streng 2: sense-streng
sommige gebieden binnen een dubbelstrengs DNA-molecuulcode voor genen, die gewoonlijk instructies zijn die de volgorde specificeren waarin aminozuren worden geassembleerd om eiwitten aan te maken, evenals regulerende sequenties, splitsingsplaatsen, niet-coderende introns en andere genproducten. Voor een cel om deze informatie te gebruiken, dient één bundel van DNA als malplaatje voor de synthese van een bijkomende bundel van RNA., De getranscribeerde bundel van DNA wordt genoemd de malplaatje bundel, met antisense opeenvolging, en het mRNA-transcript dat van het wordt geproduceerd wordt gezegd om betekenisopeenvolging (het complement van antisense) te zijn. De niet getranscribeerde bundel van DNA, complementair aan de getranscribeerde bundel, wordt ook gezegd om betekenisopeenvolging te hebben; het heeft dezelfde betekenisopeenvolging zoals het mRNA-transcript (hoewel de basissen van T in DNA met u basissen in RNA worden vervangen).
| 3’CGCTATAGCGTTT 5′ | DNA antisense strand (template/noncoding) | gebruikt als sjabloon voor transcriptie., |
| 5′GCGATATCGCAAA 3′ | DNA sense strand (nontemplate/coding) | Complementary to the template strand. |
| 5′GCGAUAUCGCAAA 3′ | mRNA sense transcript | RNA strand that is transcribed from the noncoding (template/antisense) strand. Note1: Except for the fact that all thymines are now uracils (T → U), it is complementary to the noncoding (template/antisense) DNA strand and identical to the coding (nontemplate/sense) DNA strand., |
| 3 ‘CGCUAUAGCGUUU 5’ | mRNA antisense transcript | RNA-streng die wordt getranscribeerd van de codering (nontemplate/sense) – streng. Opmerking: behalve het feit dat alle thymines nu uracils (T → U) zijn, is het complementair aan de coderende (nontemplate/sense) DNA-streng en identiek aan de noncoding (template/antisense) DNA-streng., |
De Namen die aan elke streng worden toegekend, hangen eigenlijk af van de richting waarin u de reeks schrijft die de informatie voor eiwitten bevat (de” sense “- informatie), niet op welke streng wordt afgebeeld als” on the top “of” on the bottom ” (wat willekeurig is)., De enige biologische informatie die belangrijk is voor het etiketteren van bundels is de relatieve plaatsen van de eind 5′ fosfaatgroep en de eind 3′ hydroxylgroep (aan de einden van de bundel of de opeenvolging in kwestie), omdat deze einden de richting van transcriptie en vertaling bepalen. Een sequentie geschreven 5 ‘- CGCTAT-3’is gelijk aan een sequentie geschreven 3′-TATCGC-5′ zolang de 5’ en 3 ‘ uiteinden worden genoteerd. Als de einden niet gelabeld zijn, is de conventie om aan te nemen dat beide reeksen in de 5′-aan-3′ richting worden geschreven., De ” Watson strand “verwijst naar 5′-to-3′ top strand (5’→3′), terwijl de” Crick strand “verwijst naar de 5′-to-3′ bottom strand (3’5 5’). Zowel de bundels van Watson als Crick kunnen Of betekenis of antisense bundels zijn afhankelijk van het specifieke genproduct dat van hen wordt gemaakt.,
bijvoorbeeld, de notatie “YEL021W”, een alias van het URA3-gen dat wordt gebruikt in de National Center for Biotechnology Information (NCBI) database, geeft aan dat dit gen zich in het 21e open reading frame (ORF) bevindt van het centromeer van de linkerarm (L) van het Gistchromosoomgetal (Y) V (E), en dat de expressie die de bundel codeert de Watson-bundel (W) is. “YKL074C” betekent de 74ste ORF links van het centromeer van chromosoom XI en dat de codeerstreng de Crick-streng (C) is. Een andere verwarrende term die verwijst naar” Plus “en” Minus ” strand wordt ook veel gebruikt., Of de streng nu sense (positief) of antisense (negatief) is, de standaard zoekvolgorde in NCBI BLAST alignment is “Plus” strand.