A técnica básica para a detecção de RFLPs envolve a fragmentação de uma amostra de DNA com a aplicação de uma enzima de restrição, que pode, seletivamente, apegar-se uma molécula de DNA onde quer uma curta sequência específica é reconhecido em um processo conhecido como uma restrição de digerir. Os fragmentos de DNA produzidos pelo digest são então separados por comprimento através de um processo conhecido como eletroforese em gel de agarose e transferidos para uma membrana através do procedimento de mancha Sul., A hibridação da membrana a uma sonda de DNA rotulada determina então o comprimento dos fragmentos que são complementares à sonda. Um polimorfismo de comprimento de fragmento de restrição é dito ocorrer quando o comprimento de um fragmento detectado varia entre indivíduos, indicando homologias de sequência não idênticas. Cada comprimento de fragmento é considerado um alelo, quer ele realmente contenha uma região de codificação ou não, e pode ser usado na análise genética subsequente.,
Esquema para RFLP por clivagem de perda de site
Análise e a herança de alelos RFLP fragmentos (NIH)
Esquema para RFLP por VNTR comprimento de variação
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Existem dois mecanismos comuns pelo qual o tamanho de um determinado fragmento de restrição pode variar. No primeiro esquema, um pequeno segmento do genoma está sendo detectado por uma sonda de DNA (linha mais espessa)., No alelo A, o genoma é clivado por uma enzima de restrição em três locais próximos (triângulos), mas apenas o fragmento mais à direita será detectado pela sonda. No Alelo a, o local de restrição 2 foi perdido por uma mutação, então a sonda agora detecta o fragmento Fundido maior que corre dos locais 1 a 3. O segundo diagrama mostra como esta variação de tamanho de fragmento iria olhar para uma mancha do Sul, e como cada Alelo (dois por indivíduo) pode ser herdado em membros de uma família.,
no terceiro esquema, a sonda e a enzima de restrição são escolhidas para detectar uma região do genoma que inclui um segmento variável de repetição de número tandem (VNTR) (caixas em diagrama esquemático). No Alelo c, há cinco repetições no VNTR, e a sonda detecta um fragmento maior entre os dois locais de restrição. No Alelo d, há apenas duas repetições no VNTR, então a sonda detecta um fragmento menor entre os mesmos dois locais de restrição. Outros processos genéticos, tais como inserções, deleções, translocações e inversões, também podem levar a polimorfismos., Os testes de RFLP requerem amostras de DNA muito maiores do que os testes curtos de repetição em tandem (STR).