under Napoleonkrigen i Europa började spanska kolonier i den nya världen administrera sina egna angelägenheter., Den växande autonomin resulterade så småningom i övergången mot självständighet, och de Förenade provinserna i Río de la Plata, idag känd som Argentina, proklamerade sin suveränitet under en horisontell trikolour av blå-vit-blå. Den befrielseflaggan bars av kaparen Luís Aury till Karibien 1818. Även om det flög bara kort över Santa Catalina öarna utanför Centralamerikas kust, inspirerade flaggan spanska ämnen i området som sökte sin frihet., Centralamerikas självständighet proklamerades först den 15 September 1821, och omorganiserades, efter två år av mexikanskt styre, 1823. Ledaren i rörelsen mot mexikanskt styre var överste Manuel José Arce i El Salvador. Hans flagga av blå-vit-blå horisontella ränder fick en välsignelse i kyrkan San Salvador den 20 februari 1822, och så småningom blev den nationella flaggan i de Förenade provinserna i Centralamerika.
Efter att Förenta provinserna i Centralamerika bröt sig in i fem separata länder fortsatte El Salvador att använda sin flagga fram till 1865., Sedan, i mer än fyra decennier, användes en annan nationell flagga, som liknade Förenta staternas stjärnor och ränder. Den 15 September 1912 återinfördes dock den blå-vit-blå flaggan. Med mindre ändringar (senast i September 1972) står det idag som en påminnelse om Centralamerikansk enhet. Vapenskölden i mitten av flaggan liknar den som används av den tidigare Centralamerikanska federationen och innehåller det nationella mottot ”Dios, unión, libertad” (”Gud, union, frihet”). Se även Flagghistorien Guatemala, Nicaragua, Costa Rica och Honduras.