under tiden gick myndigheterna på båda sidor av floden till federala myndigheter för att undersöka fallet. Flachs berättade för myndigheterna att Scott hade sagt att han hade brutit leveen så att han kunde låsa sin fru Suzie på Missourisidan av floden. Suzie arbetade som servitris vid en lastbil stopp i Taylor, Missouri. När historien gick ville Scott vara fri att festa, fiska och ha en affär., Utredare hittade senare andra vittnen som sa att Scott skröt om att bryta levee på en fest efter översvämningen. Baserat på detta bevis togs Scott till Missouri för rättegång i November 1994.
Scott prövades enligt en 1979 Missouri lag som gjorde det ett brott att avsiktligt orsaka en katastrof. Lagen kodifierats Avsnitt 569.,070 i Missouri reviderade stadgar, definieras en katastrof som ” död eller allvarlig fysisk skada för tio eller fler personer eller betydande skador på fem eller flera byggnader eller beboeliga strukturer eller betydande skador på en viktig offentlig anläggning som allvarligt försämrar dess användbarhet eller drift.”På grund av publicitet ägde rättegången rum i Kirksville, 109 km väster om West Quincy.
åklagare och utredare trodde att Scott antingen tog bort eller skar plastplåtarna som täckte leveen och grävde sedan genom sanden tills vattnet rusade in., Försvaret vilade till stor del på två jorden-vetenskap och experter som vittnade om att det fanns starka bevis levee misslyckades på grund av naturliga orsaker: David Hammer of the University of Missouri sade att det hade varit ”något som 11 eller 12 levee misslyckanden” uppströms från West Quincy, och Charles Morris University of Missouri-Rolla sa ett sista minuten beslut att ta in bulldozers för att stötta upp levee faktiskt försvagade dess strukturella integritet. Åklagaren presenterade många vittnen som påstod sig ha hört Scott skryta om att bryta levee, och pekade på inkonsekvenserna i hans berättelse.,
efter en tre dagars rättegång diskuterade juryn i fyra timmar och dömde sedan Scott för att orsaka en katastrof. En månad senare dömdes han till 10 år till livstids fängelse, för att springa i följd med sin 10-åriga inbrott i Illinois.
Scott överklagade, och den 25 februari 1997 kastade Missouris appellationsdomstol ut domen på grund av åklagarfel. Åklagare hade inte berättat för försvaret om två vittnen som enligt uppgift hört Scott säga att han medvetet hade brutit levee., Han blev återgift 1998 och dömdes en andra gång efter tre timmars överläggning den 30 April. Den ursprungliga meningen återinfördes den 6 juli.
Scott är för närvarande avtjänar sitt straff på Jefferson City Correctional Center under Missouri Department of Rättelser ID #1001364. Enligt September 8, 2017 ”Criminal” podcast episod med titeln ”Catastrophe”, som innehåller Scott, han är berättigad till parole i 2023. Han upprätthåller sin oskuld.
Adam Pitluk, en tidigare reporter för tiden, skrev en bok, fördömd för evigheten och hävdade att Scott är oskyldig.