att Rida på en våg av godkännande för Vázquez framgångsrika center-vänster regering, Mujica sökte och vann nomineringen som en EP-FA: s presidentkandidat i valet 2009; en av hans främsta konkurrenter, Danilo Astori, en kollega senatorn och före detta finansminister, anslöt sig så småningom till den biljett som vice president-kandidat., Under kampanjen var Mujica den främsta löpare, men hans gerilla förflutna-som han var på smärtor att visa var väl bakom honom—rörde kontroverser, liksom hans offentliga kritik av ledarna för vissa andra sydamerikanska länder, inklusive Argentina och Venezuela. Även om EP-FA behöll sin parlamentariska majoritet i omröstningen den 25 oktober, säkrade Mujica inte den 50-procentiga-plus-en andel av omröstningen som var nödvändig för att förhindra ett avrinningsval för ordförandeskapet., I avrinningen, som hölls den 29 November, Mujica besegrade förre presidenten Luis Lacalle Herrera av den Nationella (Blanco) Fest och tillträdde den 1 Mars 2010.
under Mujicas ledning fortsatte den uruguayanska ekonomin att blomstra, vilket gav en konsekvent tillväxt i BNP och BNP per capita samtidigt som låg arbetslöshet upprätthölls. Mot denna bakgrund införde hans administration progressiv lagstiftning som förändrade Uruguays sociala landskap. I juni 2012 Mujica föreslog att regeringen legalisera och distribuera marijuana för att skära av intäkter till knarklangare., Sedan, i November, infördes en proposition i Representanthuset som beskriver en ram för statlig reglering av marijuana produktion, försäljning och konsumtion. I slutet av December 2013 hade huset och senaten gått igenom lagförslaget, och Mujica hade undertecknat det i lag. I oktober 2012 Uruguay hade blivit den första sydamerikanska landet att tillåta aborter upp till 12: e graviditetsveckan, och i maj 2013 Mujica undertecknade ett lagförslag som gjorde Uruguay det andra landet i Latinamerika att legalisera samkönade äktenskap., Mujica var konstitutionellt förbjuden att söka en andra, på varandra följande term, men på ungefär samma sätt som han hade ridit in i ordförandeskapet på den goodwill som genereras av Vázquez-regimen, kunde han återvända favoriten, eftersom Mujicas styre Popularitet banade väg för Vázquez triumf över Nationalpartiets Luis Lacalle Pou (son till Mujicas motståndare 2009) i presidentvalet i november 2014. Mujica lämnade kontoret året därpå.