den grundläggande tekniken för detektering av RFLPs innebär fragmentering av ett DNA-prov med tillämpning av ett restriktionsenzym, som selektivt kan klyva en DNA-molekyl varhelst en kort, specifik sekvens känns igen i en process som kallas en begränsning smälta. DNA-fragmenten som produceras av digest separeras sedan av längd genom en process som kallas agarosgelelektrofores och överförs till ett membran via Södra blot-proceduren., Hybridisering av membranet till en märkt DNA-sond bestämmer sedan längden på fragmenten som kompletterar sonden. En begränsning fragment längd polymorfism sägs inträffa när längden på ett detekterat fragment varierar mellan individer, vilket indikerar icke-identiska sekvens homologier. Varje fragmentlängd anses vara en allel, oavsett om den faktiskt innehåller en kodningsregion eller inte, och kan användas i efterföljande genetisk analys.,
schematisk för RFLP genom klyvning webbplatsförlust
analys och arv av alleliska RFLP fragment (NIH)
schematisk för RFLP genom VNTR längdvariation
examplesedit
det finns två gemensamma mekanismer genom vilka storleken på ett visst begränsningsfragment kan variera. I det första schematiska detekteras ett litet segment av genomet av en DNA-sond (tjockare linje)., I allel A klyvs genomet av ett begränsningsenzym på tre närliggande platser (trianglar), men endast det högra fragmentet kommer att detekteras av sonden. I allele A har begränsningsplats 2 förlorats av en mutation, så sonden upptäcker nu det större smälta fragmentet som körs från platser 1 till 3. Det andra diagrammet visar hur denna fragmentstorleksvariation skulle se ut på en sydlig blot och hur varje allel (två per individ) kan vara ärvd hos familjemedlemmar.,
i det tredje schematiska väljs sonden och begränsningsenzymet för att detektera ett område av genomet som innehåller ett variabelt antal tandemrepetition (VNTR) segment (rutor i schematiskt diagram). I allel c finns fem upprepningar i VNTR, och sonden detekterar ett längre fragment mellan de två begränsningsställena. I allele d finns det bara två upprepningar i VNTR, så sonden upptäcker ett kortare fragment mellan samma två begränsningsställen. Andra genetiska processer, såsom Infogningar, deletioner, translokationer och inversioner, kan också leda till polymorfism., RFLP-tester kräver mycket större DNA-prov än korta tandemrepetitionstester (STR).