mot slutet av Josefs regeringstid var det verkligen ökande missnöje. Religiösa element var missnöjda med många av hans reformer, och både herrar och bönder var oroliga över vad hans jordbruksförändringar skulle innebära för deras framtid. Dessutom hade några andra politikområden inspirerat motstånd., År 1784 informerade han den ungerska regeringen om att dess officiella språk, Latin, inte var effektivt för den moderna regeringen och, eftersom Ungerska talades av endast en del av befolkningen i det Kungariket, att regeringens språk från och med då skulle vara tyska. Detta språk skulle användas i centralkontoren omedelbart, i länskontoren efter ett år, och i de lokala kontoren efter tre. Regeringens sysselsättning och till och med medlemskap i den ungerska kosten skulle endast vara öppet för tyska talare., Även om det var utformat för att underlätta administrationen tolkade många ungrare detta språk som ett hot mot hela sin kultur och talade entusiastiskt mot det. För att lägga till ungrarnas fasa vägrade Joseph att underkasta sig en kröning i Ungern så att han inte måste svära att upprätthålla lagar som han inte ville, och sedan hade han den heliga kronan av riket flyttade till Wien.
av 1787 intensifierades motståndet mot Joseph och hans regering., En Habsburg besittning som hade undgått reformer under regeringstiden av Maria Theresa och Joseph var den Österrikiska Nederländerna, som styrde sig under sina egna lagar. I januari och mars 1787 svepte Joseph helt enkelt bort den österrikiska Nederländernas konstitution och meddelade att det från och med då skulle styras enligt absolutistiska principer, precis som de andra provinserna i monarkin. Motståndet simmered i det Österrikiska Nederländerna fram till 1789, när det kokade över i öppen revolt, tvingar administrationen där att fly till säkerhet i hertigdömet Luxemburg., Vid den tiden fanns det också rykten om uppror i Ungern och i Galicien, och under en period verkade det som om revolutionen kunde bryta ut i många delar av monarkin.
Josephs reformer kanske inte har genererat så mycket motstånd om det inte hade varit för hans utrikespolitik. Joseph var inte särskilt aggressiv i utrikesfrågor, men han följde anti-preussiska råd från sin och sin mors gamla kansler, Kaunitz, och det rådet slutade i olycka. Kaunitz trodde bestämt att österrike endast kunde kontrollera Preussen med hjälp av Ryssland., År 1781 förhandlade han och Josef med Katarina den stora en pakt som gav Rysk hjälp till Österrike i händelse av krig med Preussen. I utbyte lovade österrike att hjälpa Ryssland i händelse av krig med det ottomanska riket. Katarina var övertygad om sin diplomatiska och militära styrka och engagerade sig sedan i en serie provokationer mot turkarna som resulterade i 1787 i en krigsförklaring av sultanen. Även om Joseph inte hade någon verklig önskan att delta i detta krig, krävde hans fördragsförpliktelser med Ryssland att han skulle göra det. Först gick kriget dåligt., År 1788 väntade österrikarna på att ryssarna skulle ta offensiven i rumänska länder—vilket de inte gjorde—bara för att själva bli attackerade av turkarna och skickade scurrying norrut från Donau i ett försök att ompröva sina linjer. Joseph själv var närvarande på denna kampanj,som inte gjorde någon nytta. Han kunde inte inspirera sina officerare att vara mer aggressiva, och han blev ganska sjuk, så mycket att han återvände till Wien i slutet av 1788 i ett försök att återhämta sig., Kampanjen 1789 gick mycket bättre, vilket resulterade i den österrikiska erövringen av Belgrads viktiga fästning vid sammanflödet av floderna Sava och Donau och i en gemensam österrikisk-Rysk offensiv i Moldavien och Walachia som körde turkarna hela vägen till Donau.
men vid den här tiden var alla olyckliga konsekvenser av Josephs inrikes-och utrikespolitik påverkade honom. Kriget i sig orsakade ett utbrott av folklig agitation mot sin utrikespolitik, det österrikiska Nederländernas folk steg i ren revolution och rapporter om problem i Galicien ökade., Slutligen var det Ungern som bröt Josephs Ande. År 1788 var han tvungen att sammankalla de gamla länsförsamlingarna för att be om rekryter och förnödenheter för att bekämpa kriget. De adelsmän som gjorde upp dessa församlingar svarade med protester och kräver att den gamla konstitutionen ska återställas och att Joseph underkastar sig kröning på det traditionella ungerska sättet. Till och med det ungerska kansliet, ministeriet i den centrala regeringen med ansvar för ungerska angelägenheter, rekommenderade Joseph att ge efter för dessa önskemål från sina väljare.,
inför dessa svårigheter återkallade Joseph många av de reformer som han hade antagit tidigare. I ett brev från januari 1790 betonade han sina goda avsikter att anta sina nya lagar i Ungern och återkallade sedan dem alla utom toleransens edikt, lagarna relaterade till böndernas status och de monastiska reformerna. Han gick med på att kalla den ungerska kosten—men inte för tidigt, med tanke på den farliga internationella situationen—och han samtyckte till att återvända kronan till Ungern och till sin egen kröning som landets kung., Kronan kom dock aldrig att passera, för Joseph dog följande månad.