Human Microbiome je sbírka všech mikroorganismů žijících v souvislosti s lidským tělem. Mezi tyto komunity patří eukaryoty, archaea, bakterie a viry. Bakterie v průměrném lidském těle mají desetkrát více než lidské buňky, celkem asi 1000 více genů, než jsou přítomny v lidském genomu. Vzhledem k jejich malé velikosti však mikroorganismy tvoří pouze asi 1 až 3 procenta naší tělesné hmotnosti (to je 2 až 6 liber bakterií u dospělého 200 liber)., Tyto mikroby pro nás obecně nejsou škodlivé, ve skutečnosti jsou nezbytné pro udržení zdraví. Například, produkují určité vitaminy, že nemáme geny, rozebrat naše jídlo extrahovat živiny, které potřebujeme k přežití, učí náš imunitní systém, jak rozpoznat nebezpečné útočníky a dokonce i vyrábět užitečné protizánětlivé sloučeniny, které bojují mimo jiné mikroby nemoc-působit., Stále rostoucí počet studií, které prokázaly, že změny ve složení naší microbiomes korelují s řadou chorobných stavů, zvyšování možnost, že manipulace těchto komunit mohou být použity k léčbě onemocnění.
Human Microbiome Project (HMP) byl podporován National Institutes of Health (NIH) Společný Fond od roku 2007 do roku 2016, s posláním vytváření zdrojů, které by umožnily komplexní charakterizaci lidského mikrobiomu a analýzu jeho roli v lidském zdraví a nemoci., Tato oblast webových stránek se zaměřuje na první z dvoufázového úsilí, často označovaného jako HMP1, který probíhal od roku 2008 do roku 2013. Z webových stránek společného fondu:
Projekt Human Microbiome přešel z podpory společného fondu. Programy společných fondů jsou strategické investice, které dosahují sady cílů s vysokým dopadem v časovém rámci 5-10 let. Na závěr každého programu, výstupy přechod na jiné zdroje podpory nebo použití širší vědecké komunity. HMP byl podporován společným fondem v letech 2007 až 2016., Non-HMP investice v mikrobiomu výzkum v NIH se zvýšil více než čtyřicet krát od vzniku HMP a pokrývá více než 20 Ústavů a Center NIH. Vezměte prosím na vědomí, že vzhledem k tomu, že HMP již není podporován společným fondem, je webová stránka programu udržována jako archiv a nebude pravidelně aktualizována.
tradiční mikrobiologie se historicky zaměřila na studium jednotlivých druhů jako izolovaných jednotek., Nicméně drtivá většina mikrobiálních druhů nebyly nikdy úspěšně izolován jako životaschopné vzorky pro analýzu, pravděpodobně proto, že jejich růst je závislý na specifické mikroprostředí, které nebyly nebo nemohou být, reprodukovat experimentálně. Pokrok v sekvenování DNA technologií v polovině 2000s přispěl k vytvoření nové oblasti výzkumu, tzv. metagenomika, umožňující komplexní vyšetření mikrobiální komunity, bez nutnosti kultivace., Namísto zkoumání genomu individuálního bakteriálního kmene, který byl pěstován v laboratoři, metagenomický přístup zkoumá sběr genomů odvozených z mikrobiálních komunit odebraných z přírodních prostředí. V HMP1, metagenomic metody doplněné genomické analýzy známých izolovat kmeny, které poskytují bezprecedentní informace o složitosti lidských mikrobiálních společenství.,
HMP1 charakterizoval mikrobiální komunity nalezené na několika různých místech lidského těla: nosní průchody, ústní dutina, kůže, gastrointestinální trakt a urogenitální trakt a zkoumal roli těchto mikrobů v lidském zdraví a nemoci. 5 uvedené cíle projektu byly
- vývoj referenční sady 3000 izolovat mikrobiální genomové sekvence. V průběhu projektu bylo 3 055 genomů izolovaných od lidského těla sekvenováno na návrh nebo plný stav. Přečtěte si více o úsilí o sekvenování referenčního genomu, včetně přístupu k metadatům.,
- Počáteční 16S & mWGS metagenomic studie generovat odhad složitosti mikrobiální společenství na každé tělo stránky, poskytující počáteční odpovědi na otázky, zda je jádro mikrobiomu na každém místě. 300 zdravých dospělých ve věku mezi 18 a 40 byly odebrány na pěti hlavních místech těla (dutiny ústní, nosní dutiny, kůže, zažívacího traktu a urogenitálního traktu) s celkem 15 nebo 18 specifických místech těla. Subjekty byly odebrány vzorky při jedné až třech návštěvách, celkem u více než 11 000 vzorků., Přečtěte si více o 16S & metagenomické vzorkování a sekvenování úsilí, včetně přístupu metadat.
- demonstrační projekty k určení vztahu mezi nemocí a změnami lidského mikrobiomu. Přečtěte si více o financovaných demonstračních projektech.
- vývoj nových technologií a nástrojů pro výpočetní analýzu, zřízení Centra pro analýzu a koordinaci dat (DACC) a úložišť zdrojů. Přečtěte si více o protokolech a nástrojích využívaných konsorciem HMP1.,
- Zkoumání etické, právní a sociální důsledky (ELSI), které mají být považovány za při studiu a uplatňování metagenomic analýza lidské mikroflóry. Přečtěte si více o financovaných studiích ELSI.
HMP1 bylo interdisciplinární úsilí zahrnující čtyři sekvenační centra (Broad Institute, Baylor College of Medicine, Washington University School of Medicine a J., Craig Venter Institut), Analýzu Dat a Koordinační Centrum (DACC), a několik nezávislých zkoušejících v demonstračních projektů při bližším pohledu na asociace mezi mikrobiomu a lidské zdraví a nemoci, nástroje a vývoj technologií, a identifikace etické důsledky. Podívejte se na plné členství v konsorciu.