microbiomul uman este colecția tuturor microorganismelor care trăiesc în asociere cu corpul uman. Aceste comunități includ eucariote, arhaea, bacterii și viruși. Bacteriile dintr-un număr mediu de corp uman de zece ori mai mult decât celulele umane, pentru un total de aproximativ 1000 de gene mai mult decât sunt prezente în genomul uman. Din cauza dimensiunii lor mici, cu toate acestea, microorganismele reprezintă doar aproximativ 1 până la 3 la sută din masa corpului nostru (adică 2 până la 6 kilograme de bacterii la un adult de 200 de kilograme)., Acești microbi nu sunt, în general, dăunători pentru noi, de fapt sunt esențiali pentru menținerea sănătății. De exemplu, ele produc anumite vitamine pe care nu avem genele pentru a le face, ne descompun alimentele pentru a extrage nutrienții de care avem nevoie pentru a supraviețui, învață sistemele noastre imunitare cum să recunoască invadatorii periculoși și chiar produc compuși antiinflamatori utili care luptă împotriva altor microbi cauzatori de boli., Un număr tot mai mare de studii au demonstrat că schimbările în compoziția noastră microbiomes se corelează cu numeroase boli, ridicând posibilitatea ca manipularea acestor comunități ar putea fi folosite pentru a trata boala.
Proiectul Microbiomului Uman (HMP) a fost susținută de către Institutele Naționale de Sănătate (NIH) Fond Comun, din 2007 până în 2016, cu misiunea de a genera resurse care ar permite cuprinzătoare caracterizare a microbiomului uman și analiză a rolului său în domeniul sănătății și bolii., Această zonă a site-ului se concentrează pe primul efort în două faze, denumit frecvent HMP1, care a durat din 2008 până în 2013. De pe site-ul Fondului comun:
proiectul Microbiome uman a trecut de la sprijinul Fondului comun. Programele comune ale fondurilor sunt investiții strategice care ating un set de obiective cu impact ridicat într-un interval de timp de 5-10 ani. La încheierea fiecărui program, livrabilele trec la alte surse de sprijin sau de utilizare de către comunitatea științifică mai largă. HMP a fost sprijinit de fondul comun în perioada 2007-2016., Investiția Non-HMP în cercetarea microbiomului la NIH a crescut de peste patruzeci de ori de la înființarea HMP și se întinde pe peste 20 de institute și centre NIH. Rețineți că, deoarece HMP nu mai este susținut de fondul comun, site-ul web al programului este menținut ca arhivă și nu va fi actualizat în mod regulat.
microbiologia tradițională s-a concentrat istoric pe studiul speciilor individuale ca unități izolate., Cu toate acestea, marea majoritate a speciilor microbiene nu au fost niciodată izolate cu succes ca specimene viabile pentru analiză, probabil pentru că creșterea lor depinde de un micromediu specific care nu a fost sau nu poate fi reprodus experimental. Progresele în tehnologiile de secvențiere a ADN-ului la mijlocul anilor 2000 au contribuit la crearea unui nou domeniu de cercetare, numit metagenomică, care să permită examinarea cuprinzătoare a comunităților microbiene fără a fi nevoie de cultivare., În loc să examineze genomul unei tulpini bacteriene individuale care a fost cultivată într-un laborator, abordarea metagenomică examinează colectarea de genomi derivați din comunități microbiene prelevate din medii naturale. În HMP1, metagenomic metode completate analize genomice a cunoscut izola tulpini, furnizarea de informații fără precedent despre complexitatea omului comunități microbiene.,HMP1 a caracterizat comunitățile microbiene găsite în mai multe locuri diferite de pe corpul uman: pasajele nazale, cavitatea bucală, pielea, tractul gastro-intestinal și tractul urogenital și a examinat rolul acestor microbi în sănătatea și boala umană. Cele 5 obiective declarate ale proiectului au fost
- dezvoltarea unui set de referință de 3.000 de secvențe de genom microbian izolat. Pe parcursul proiectului, genomii 3,055 izolați din corpul uman au fost secvențiați pentru a redacta sau a avea statut complet. Citiți mai multe despre eforturile de secvențiere a genomului de referință, inclusiv accesul la metadate.,
- Initial 16 & mWGS metagenomic studii pentru a genera o estimare a complexității comunității microbiene la fiecare corp site-ul, oferind inițială răspunsuri la întrebări dacă există o bază microbiome la fiecare site-ul. 300 de adulți sănătoși cu vârste cuprinse între 18 și 40 au fost prelevate probe de la cinci mari site-uri de corp (cavitatea bucală, cavitatea nazală, pielea, tractul gastro-intestinal și tractul urogenital) cu un total de 15 sau 18 organism specific de site-uri. Subiecții au fost eșantionați la una până la trei vizite, pentru un total de peste 11.000 de probe., Cititi mai multe despre 16S & eforturile de eșantionare și secvențiere metagenomice, inclusiv accesul la metadate.
- proiecte demonstrative pentru a determina relația dintre boală și schimbările în microbiomul uman. Citiți mai multe despre proiectele demonstrative finanțate. dezvoltarea de noi tehnologii și instrumente pentru analiza computațională, înființarea unui centru de analiză și coordonare a datelor (DACC) și depozite de resurse. Citiți mai multe despre protocoalele și instrumentele utilizate de consorțiul HMP1.,
- examinarea implicațiilor etice, juridice și sociale (ELSI) care trebuie luate în considerare în studiul și aplicarea analizei metagenomice a microbiotei umane. Citiți mai multe despre studiile ELSI finanțate. HMP1 a fost un efort interdisciplinar care a cuprins patru centre de secvențiere (Institutul Broad, Colegiul de Medicină Baylor, școala de Medicină a Universității Washington și J., Craig Venter Institute), un centru de analiză și Coordonare a datelor (DACC) și mai mulți investigatori independenți implicați în proiecte demonstrative care analizează mai îndeaproape asociațiile dintre microbiome și sănătatea umană și boala, dezvoltarea instrumentelor și tehnologiei și identificarea implicațiilor etice. Consultați calitatea de membru al Consorțiului.