under Napoleonskrigene i Europa begyndte spanske kolonier i den nye verden at administrere deres egne anliggender., Den voksende autonomi resulterede i sidste ende i bevægelsen mod uafhængighed, og De Forenede Provinser Roo de la Plata, i dag kendt som Argentina, proklamerede sin suverænitet under en vandret tricolor af blå-hvid-blå. At befrielsen flag blev båret af privatcuppen Luís Aury til Caribien i 1818. Selvom det kun fløj kort over Santa Catalina-øerne ud for Centralamerikas kyst, inspirerede flaget spanske emner i området, der søgte deres frihed., Uafhængigheden af Mellemamerika blev først proklameret den 15. September 1821 og blev genoptaget efter to års me .icansk styre i 1823. Lederen i bevægelsen mod Me .icanske regel var oberst Manuel Jos.Arce af El Salvador. Hans flag af blå-hvid-blå vandrette striber blev velsignet i San Salvador Kirke den 20. februar 1822 og blev til sidst Det Nationale flag for De Forenede Provinser i Mellemamerika.
efter at De Forenede Provinser i Mellemamerika brød ind i fem separate lande, fortsatte El Salvador med at bruge sit flag indtil 1865., Derefter blev der i mere end fire årtier brugt et andet nationalt flag, der lignede USA ‘ s stjerner og striber. Den 15. September 1912 blev det blå-hvid-blå flag genindført. Med mindre ændringer (senest i September 1972) står det i dag som en påmindelse om mellemamerikansk enhed. Våbenskjoldet i midten af flaget ligner det, der blev brugt af den tidligere Mellemamerikanske Føderation og inkluderer det nationale motto “Dios, uni .n, libertad” (“Gud, union, frihed”). Se også Guatemala, Nicaragua, Costa Rica og Honduras ‘ flagshistorier.