I mellemtiden sluttede myndigheder på begge sider af floden føderale myndigheder til at undersøge sagen. Deres undersøgelse førte til, at Joe Flachs, en gammel ven af Scott ‘ s. Flachs fortalte myndighederne, at Scott havde fortalt ham, at han havde brudt dæmning, så han kunne strand hans hustru, Suzie, på Missouri side af floden. Su .ie arbejdede som servitrice på et truck stop i Taylor, Missouri. Som historien gik, Scott ønskede at være fri til at feste, fisk, og har en affære., Efterforskere fandt efterfølgende andre vidner, der sagde, at Scott pralede af at bryde diget på en fest efter oversvømmelsen. Baseret på dette bevis blev Scott ført til Missouri for retssag i November 1994.Scott blev forsøgt i henhold til en Missouri-lov fra 1979, der gjorde det til en forbrydelse at med vilje forårsage en katastrofe. Loven, kodificeret som Section 569.,070 i Missouri Reviderede vedtægter, definerede en katastrofe som ” død eller alvorlig fysisk skade på ti eller flere mennesker eller væsentlig skade på fem eller flere bygninger eller beboelige strukturer eller væsentlig skade på en vital offentlig facilitet, der alvorligt forringer dens anvendelighed eller drift.”På grund af reklame fandt retssagen sted i Kirksville, 68 miles (109 km) vest for Westest .uincy.anklagere og efterforskere mente, at Scott enten fjernede eller skar plastpladerne, der dækkede diget, og derefter gravede gennem sandet, indtil vandet skyndte sig ind., Forsvar hvilede i høj grad på to jord-videnskab og eksperter, der vidnede om, at der var stærke beviser levee mislykket på grund af naturlige årsager: David Hammer of the University of Missouri sagde, at der havde været “noget som 11 eller 12 levee fejl” op ad floden fra Vest Quincy, og Charles Morris fra University of Missouri-Rolla sagde et sidste-øjebliks-beslutning om at bringe i bulldozere til at afstive levee faktisk svækkede dens strukturelle integritet. Anklagemyndigheden præsenterede adskillige vidner, der hævdede at have hørt Scott prale af at bryde diget, og pegede på uoverensstemmelserne i hans historie.,
efter en tre-dages retssag overvejede juryen i fire timer og dømte derefter Scott for at forårsage en katastrofe. En måned senere blev han dømt til 10 år til liv i fængsel for at løbe fortløbende med sin 10-årige indbrudsdom i Illinois.
Scott appellerede, og den 25.februar 1997 kastede Missouri Court of Appeals overbevisningen på grund af anklagemyndighed. Anklagere havde ikke fortalt forsvaret om to vidner, der efter sigende hørte Scott sige, at han bevidst havde brudt diget., Han blev genoptaget i 1998 og dømt en anden gang efter tre timers overvejelser den 30.April. Den oprindelige sætning blev genindsat den 6. juli.Scott afsoner i øjeblikket sin dom i Jefferson City Correctional Center under Missouri Department of Corrections ID #1001364. Ifølge september 8, 2017″ Criminal “podcast episode med titlen” Catastrophe”, der indeholder Scott, han er berettiget til parole i 2023. Han fastholder sin uskyld.Adam Pitluk, en tidligere reporter for Time, skrev en bog, forbandet til evigheden og argumenterede for, at Scott er uskyldig.