durante las Guerras Napoleónicas en Europa, las colonias españolas del nuevo mundo comenzaron a administrar sus propios asuntos., La creciente autonomía finalmente resultó en el movimiento hacia la independencia, y las Provincias Unidas del Río De La Plata, hoy conocidas como Argentina, proclamaron su soberanía bajo un tricolor horizontal de azul-blanco-azul. Esa bandera de liberación fue llevada por el corsario Luís Aury al Caribe en 1818. Aunque voló solo brevemente sobre las Islas de Santa Catalina frente a la costa de América Central, la bandera inspiró a los súbditos españoles en el área que buscaban su libertad., La independencia de Centroamérica fue proclamada por primera vez el 15 de septiembre de 1821, y fue reafirmada, después de dos años de dominio Mexicano, en 1823. El líder del movimiento contra el dominio Mexicano fue el coronel Manuel José Arce de El Salvador. Su bandera de rayas horizontales Azul-Blanco-Azul recibió una bendición en la Iglesia de San Salvador El 20 de febrero de 1822, y finalmente se convirtió en la bandera nacional de Las Provincias Unidas de América Central.
después de que las Provincias Unidas de América Central se dividieran en cinco países separados, El Salvador continuó usando su bandera hasta 1865., Luego, durante más de cuatro décadas, se utilizó una bandera nacional diferente, que se parecía a las barras y estrellas de los Estados Unidos. El 15 de septiembre de 1912, sin embargo, la bandera azul-blanca-azul fue reintroducida. Con modificaciones menores (la última en septiembre de 1972), se erige hoy como un recordatorio de la unidad Centroamericana. El escudo de armas en el Centro de la bandera se asemeja al utilizado por la antigua Federación Centroamericana e incluye el lema nacional «Dios, unión, libertad». Ver también las historias de la bandera de Guatemala, Nicaragua, Costa Rica y Honduras.