Ihmisen Microbiome on kokoelma kaikki mikro-organismit elävät yhdessä ihmiskehon kanssa. Näitä yhteisöjä ovat eukaryootit, arkkiat, bakteerit ja virukset. Bakteereita on ihmiselimistössä keskimäärin kymmenen kertaa enemmän kuin ihmissoluja, yhteensä noin 1000 geeniä enemmän kuin ihmisen perimässä. Koska niiden pieni koko, kuitenkin, mikro-organismit muodostavat vain noin 1-3 prosenttia meidän kehon massa (joka on 2-6 kiloa bakteereja, 200-kiloinen aikuinen)., Nämä mikrobit eivät yleensä ole meille haitallisia, itse asiassa ne ovat välttämättömiä terveyden ylläpitämiseksi. Esimerkiksi ne tuottaa tiettyjä vitamiineja, että meillä ei ole geenejä tehdä, murtaa meidän ruokaa poimia ravintoaineita tarvitsemme hengissä, opettaa meidän immuunijärjestelmä, miten tunnistaa vaaralliset hyökkääjät ja jopa tuottaa hyödyllistä anti-inflammatorisia yhdisteitä, jotka taistella muita tautia aiheuttavia mikrobeja., Alati kasvava joukko tutkimukset ovat osoittaneet, että muutoksia koostumuksessa meidän microbiomes korreloi lukuisia tauti todetaan, nostaa mahdollisuus, että manipulointi näitä yhteisöjä voidaan käyttää hoitoon taudin.
Ihmisen Microbiome Project (HMP) tukivat National Institutes of Health (NIH) Yhteinen Rahasto vuodesta 2007 kautta 2016, jonka tehtävänä on tuottaa resursseja, joiden avulla kattava luonnehdinta ihmisen microbiome ja analyysi sen rooli ihmisen terveyden ja sairauden., Tämä verkkosivuston ala keskittyy ensimmäiseen kaksivaiheisesta ponnistuksesta, jota kutsutaan usein nimellä HMP1, joka kesti vuodesta 2008 vuoteen 2013. Yhteisen rahaston verkkosivuilta:
ihmisen mikrobiomi-hanke on siirtynyt yhteisestä Rahastotuesta. Yhteiset Rahastoohjelmat ovat strategisia investointeja, joilla saavutetaan joukko korkean vaikutuksen tavoitteita 5-10 vuoden määräajassa. Kunkin ohjelman päättyessä tuotokset siirtyvät muihin laajemman tiedeyhteisön tukilähteisiin tai käyttöön. Yhteinen rahasto tuki HMP: tä vuosina 2007-2016., Ei-HMP investointeja microbiome tutkimus NIH on kasvanut yli neljäkymmentä-kertaiseksi vuodesta lähtien HMP ja ulottuu yli 20 NIH Laitokset ja Keskukset. Huomaa, että koska HMP ei enää tue Yhteinen Rahasto, ohjelma verkkosivuilla säilytetään arkistona, ja se ei päivitetä säännöllisesti.
perinteinen mikrobiologia on historiallisesti keskittynyt yksittäisten lajien tutkimiseen erillisinä yksikköinä., Kuitenkin suurin osa mikrobien lajit ole koskaan olleet onnistuneesti eristetty kuin elinkelpoisia yksilöitä analyysi, oletettavasti koska niiden kasvu on riippuvainen tietyn mikroympäristön, että ei ole ollut, tai voi olla, jäljentää kokeellisesti. Kehitys DNA: n sekvensointitekniikkaan vuonna 2000-luvun puolivälissä vaikuttaneet uuden tutkimuksen, jota kutsutaan metagenomics, joiden kattava tutkiminen mikrobien yhteisöjen ilman viljelyä., Sen sijaan tutkii genomin yksittäisen bakteeri-kanta, joka on kasvatettu laboratoriossa, metagenomic lähestymistapa tutkii kokoelma genomien peräisin mikrobien yhteisöjen näytteet luonnon ympäristöissä. Vuonna HMP1, metagenomic menetelmät täydentävät genomista analyysit tiedossa eristää kantoja, jotka tarjoavat ennennäkemättömän tietoa monimutkaisuus ihmisen mikrobien yhteisöjä.,
HMP1 ominaista mikrobien yhteisöjä löytyy useita eri sivustoja ihmiskehoon: nenän, suuontelon, ihon, ruoansulatuskanavan ja sukuelinten, ja tutki rooli näiden mikrobien ihmisen terveys ja sairaus. Hankkeen 5 ilmoitettua tavoitetta olivat
- 3 000 isolaatin mikrobiperimäsekvenssin kehittäminen. Aikana hankkeen, 3,055 genomien ihmisen kehosta eristetty sekvensoitiin laatia tai koko tilan. Lue lisää referenssigenomin sekvensointitoimista, mukaan lukien metatietojen käyttö.,
- Alustava 16S & mWGS metagenomic tutkimukset tuottaa arvio monimutkaisuus mikrobien kunkin laitoksen sivusto, joka tarjoaa alkuperäisen vastauksia kysymyksiin siitä, onko ydin microbiome kunkin sivuston. 300 terveillä aikuisilla vuotiaita 18 ja 40 otokseen valittiin viisi suuria kehon alueilla (suuontelon, nenän, ihon, ruuansulatuskanavan ja urogenitaalialueen) yhteensä 15 tai 18 tiettyihin kohtiin kehossa. Koehenkilöiltä otettiin yhdestä kolmeen tarkastuskäyntiä, yhteensä yli 11 000 näytettä., Lue lisää 16S & metagenomic näytteenotto-ja sekvensointi ponnisteluja, mukaan lukien metatiedot pääsy.
- Demonstrointihankkeet sairauden ja ihmisen mikrobiomin muutosten välisen suhteen selvittämiseksi. Lue lisää rahoitetuista Demonstraatiohankkeista.
- uusien teknologioiden ja työkalut laskennallinen analyysi, perustaminen tietojen analysointi ja koordinointi center (DACC), ja resurssien arkistot. Lue lisää hmp1-konsortion käyttämistä protokollista ja työkaluista.,
- Tarkastelu eettiset, oikeudelliset ja sosiaaliset seuraukset (ELSI) voidaan pitää tutkimuksen ja soveltamisen metagenomic analyysi ihmisen mikrobiston. Lue lisää rahoitetuista ELSI-tutkimuksista.
HMP1 oli monitieteinen vaivaa, johon kuuluu neljä sekvensointi keskukset (Laaja-Instituutti, Baylor College of Medicine, Washington University School of Medicine, ja J., Craig Venter Institute), Tietojen Analysointi ja Koordinointi Center (DACC), ja useat riippumattomat tutkijat mukana mielenosoituksen hankkeita, joissa tutkitaan tarkemmin yhdistysten välillä microbiome ja ihmisen terveyden ja sairauden, työkalu ja teknologian kehitys, ja tunnistaa eettisiä vaikutuksia. Katso koko konsortion jäsenyys.