Während der Napoleonischen Kriege in Europa begannen spanische Kolonien der Neuen Welt, ihre eigenen Angelegenheiten zu verwalten., Die wachsende Autonomie führte schließlich zum Schritt in Richtung Unabhängigkeit, und die Vereinigten Provinzen des Río de la Plata, heute bekannt als Argentinien, proklamierten ihre Souveränität unter einer horizontalen Trikolore von Blau-Weiß-Blau. Diese Befreiungsflagge wurde 1818 vom Freibeuter Luís Ayy in die Karibik getragen. Obwohl es nur kurz über die Santa Catalina-Inseln vor der Küste Mittelamerikas flog, inspirierte die Flagge spanische Untertanen in der Gegend, die ihre Freiheit suchten., September 1821 zum ersten Mal ausgerufen und nach zwei Jahren mexikanischer Herrschaft im Jahr 1823 wiedergewählt. Der Führer der Bewegung gegen die mexikanische Herrschaft war Oberst Manuel José Arce von El Salvador. Februar 1822 in der Kirche San Salvador seinen Segen und wurde schließlich zur Nationalflagge der Vereinigten Provinzen Mittelamerikas.
Nachdem die Vereinigten Provinzen Mittelamerikas in fünf separate Länder zerbrochen waren, setzte El Salvador seine Flagge bis 1865 fort., Dann wurde für mehr als vier Jahrzehnte eine andere Nationalflagge verwendet, die den Sternen und Streifen der Vereinigten Staaten ähnelte. September 1912 wurde die blau-weiß-blaue Flagge wieder eingeführt. Mit geringfügigen Änderungen (spätestens im September 1972) erinnert es heute an die Einheit Mittelamerikas. Das Wappen in der Mitte der Flagge ähnelt dem der ehemaligen Zentralamerikanischen Föderation und enthält das nationale Motto „Dios, unión, libertad“(„Gott, Vereinigung, Freiheit“). Siehe auch die Flagge Geschichten von Guatemala, Nicaragua, Costa Rica und Honduras.