az emberi mikrobióma az emberi testtel együtt élő összes mikroorganizmus gyűjteménye. Ezek a Közösségek közé tartoznak az eukarióták, az archaea, a baktériumok és a vírusok. Baktériumok egy átlagos emberi test száma tízszer több, mint az emberi sejtek, összesen mintegy 1000 több gén jelen van az emberi genomban. Kis méretük miatt azonban a mikroorganizmusok testtömegünk mindössze 1-3%-át teszik ki (ez 2-6 Font baktérium egy 200 font felnőttnél)., Ezek a mikrobák általában nem károsak számunkra, valójában nélkülözhetetlenek az egészség megőrzéséhez. Például bizonyos vitaminokat termelnek, amelyeket nem rendelkezünk a génekkel, lebontják az élelmiszerünket a túléléshez szükséges tápanyagok kivonásához, megtanítják immunrendszerünket a veszélyes betolakodók felismerésére, sőt hasznos gyulladáscsökkentő vegyületeket is termelnek, amelyek más betegséget okozó mikrobák ellen küzdenek., Egyre növekvő számú tanulmány bizonyította, hogy mikrobiomjaink összetételének változásai számos betegségállapotgal korrelálnak, növelve annak lehetőségét, hogy ezeknek a közösségeknek a manipulációja felhasználható legyen a betegség kezelésére.
A Human Microbiome projektet (HMP) a National Institutes of Health (NIH) közös Alap támogatta 2007-től 2016-ig azzal a küldetéssel, hogy olyan erőforrásokat állítson elő, amelyek lehetővé teszik az emberi mikrobióm átfogó jellemzését és az emberi egészségben és betegségben betöltött szerepének elemzését., A weboldal ezen területe az első kétfázisú erőfeszítésre összpontosít, amelyet gyakran hmp1-nek neveznek, amely 2008-tól 2013-ig tartott. A közös alap honlapjáról:
a Human Microbiome projekt átalakult a közös alap támogatásából. A közös Alapprogramok olyan stratégiai befektetések, amelyek 5-10 éves időkereten belül nagy hatású célokat érnek el. Az egyes programok befejezésekor, a szélesebb tudományos közösség más támogatási forrásaira vagy felhasználására való áttérés. A HMP-t a közös alap 2007-től 2016-ig támogatta., Nem HMP beruházás mikrobiom kutatás a NIH nőtt több mint negyven-szeres kezdete óta a HMP és ível több mint 20 a NIH intézetek és központok. Felhívjuk figyelmét, hogy mivel a HMP-t már nem támogatja a közös alap, a program weboldalát archívumként tartják fenn, és nem frissítik rendszeresen.
a hagyományos mikrobiológia történelmileg az egyes fajok izolált egységekként történő tanulmányozására összpontosított., Azonban a legtöbb mikroorganizmus-faj soha nem volt sikeres, elszigetelt, mint életképes egyedek elemzés, feltehetőleg azért, mert a növekedés függ attól, hogy egy adott mikrokörnyezetben, hogy nem, vagy nem lehet, reprodukálható kísérletekkel. A DNS-szekvenálási technológiák fejlődése a 2000-es évek közepén hozzájárult egy új kutatási terület, a metagenomika létrehozásához, amely lehetővé teszi a mikrobiális közösségek átfogó vizsgálatát termesztés nélkül., A laboratóriumban termesztett egyedi baktériumtörzs genomjának vizsgálata helyett a metagenomikus megközelítés a természetes környezetből vett mikrobiális közösségekből származó genomok gyűjteményét vizsgálja. A hmp1-ben a metagenomikai módszerek kiegészítették az ismert izolált törzsek genomikai elemzését, példátlan információkat szolgáltatva az emberi mikrobiális közösségek összetettségéről.,
HMP1 jellemzi a mikrobiális közösségek találhatók több különböző helyeken az emberi test: orrjáratok, szájüreg, bőr, gyomor-bél traktus, és urogenitális traktus, és megvizsgálta a szerepét ezek a mikrobák az emberi egészség és a betegség. A projekt 5 kitűzött célja
- egy 3000 izolált mikrobiális genomszekvenciát tartalmazó referenciakészlet kidolgozása volt. A projekt során az emberi testből izolált 3055 genomot szekvenálták vázlatra vagy teljes státusra. További információ a referencia Genom szekvenálási erőfeszítésekről, beleértve a metaadatok elérését.,
- kezdeti 16S & mWGS metagenomic vizsgálatok a mikrobiális közösség összetettségének becslésére minden testhelyen, kezdeti válaszokat adva arra a kérdésre, hogy van-e alapvető mikrobióma minden helyszínen. 300, 18 és 40 év közötti egészséges felnőtt vett mintát öt fő testhelyen (szájüreg, orrüreg, bőr, gyomor-bél traktus és urogenitális traktus), összesen 15 vagy 18 specifikus testtájakon. A vizsgálati alanyokat egy-három alkalommal vették fel, összesen több mint 11 000 mintára., További információ a 16S & metagenomic mintavételi és szekvenálási erőfeszítésekről, beleértve a metaadatok elérését.
- demonstrációs projektek a betegség és az emberi mikrobióma változásai közötti kapcsolat meghatározására. Tudjon meg többet a finanszírozott demonstrációs projektekről.
- új technológiák és eszközök kifejlesztése a számítási elemzéshez, adatelemzési és koordinációs központ (DACC) és erőforrás-tárolók létrehozása. További információ a hmp1 konzorcium által használt protokollokról és eszközökről.,
- az emberi mikrobiota metagenomikai analízisének vizsgálata során figyelembe veendő etikai, jogi és társadalmi következmények vizsgálata (ELSI). Tudjon meg többet a finanszírozott ELSI tanulmányokról.
a Hmp1 interdiszciplináris erőfeszítés volt, amely négy szekvenáló központból állt (The Broad Institute, Baylor College of Medicine, Washington University School of Medicine, and the J., Craig Venter Intézet), az Adatok Elemzése, valamint Koordinációs Központ (DACC), valamint több független vizsgálók vett részt a demonstrációs projektek közelebbről meg az egyesületek között a microbiome, valamint az emberi egészség, illetve a betegség, szerszám, technológia-fejlesztés, illetve azonosítása etikai vonatkozásai. Lásd a teljes konzorciumi tagságot.