Inzwischen haben sich Behörden auf beiden Seiten des Flusses den Bundesbehörden angeschlossen, um den Fall zu untersuchen. Ihre Untersuchung führte schließlich zu Joe Flachs, einem alten Freund von Scott. Flachs erzählte Behörden, dass Scott ihm gesagt hatte, er habe die Schwelle gebrochen, damit er seine Frau, Suzie, auf der Missouri-Seite des Flusses finden konnte. Suzie arbeitete als Kellnerin an einer Raststätte in Taylor, Missouri. Im Laufe der Geschichte wollte Scott frei feiern, fischen und eine Affäre haben., Die Ermittler fanden anschließend andere Zeugen, die sagten, Scott habe sich rühmt, auf einer Party nach der Flut den Hebel gebrochen zu haben. Aufgrund dieser Beweise wurde Scott im November 1994 in Missouri vor Gericht gestellt.
Scott wurde 1979 nach einem Gesetz von Missouri vor Gericht gestellt, das es zu einem Verbrechen machte, absichtlich eine Katastrophe zu verursachen. Das Gesetz kodifiziert, als Abschnitt 569.,070 der überarbeiteten Statuten von Missouri definierte eine Katastrophe als “ Tod oder schwere körperliche Verletzung von zehn oder mehr Personen oder erhebliche Schäden an fünf oder mehr Gebäuden oder bewohnbaren Strukturen oder erhebliche Schäden an einer lebenswichtigen öffentlichen Einrichtung, die ihre Nützlichkeit oder ihren Betrieb ernsthaft beeinträchtigt.“Aufgrund der Werbung fand der Prozess in Kirksville, 109 km westlich von West Quincy, statt.
Staatsanwälte und Ermittler glaubten, dass Scott entweder die Plastikfolien, die den Hebel bedeckten, entfernte oder schnitt und sich dann durch den Sand grub, bis das Wasser hereinströmte., Die Verteidigung beruhte weitgehend auf zwei bodenwissenschaftlichen Experten, die bezeugten, dass es starke Beweise dafür gab, dass die Levee aufgrund natürlicher Ursachen versagte: David Hammer von der University of Missouri sagte, es habe „so etwas wie 11 oder 12 Levee-Ausfälle“ flussaufwärts von West Quincy gegeben, und Charles Morris von der University of Missouri-Rolla sagte, eine Last-Minute-Entscheidung, Bulldozer einzubringen, um die Levee zu stützen, schwächte tatsächlich ihre strukturelle Integrität. Die Staatsanwaltschaft präsentierte zahlreiche Zeugen, die behaupteten, Scott habe mit dem Brechen der Schwelle prahlen gehört, und wies auf die Inkonsistenzen in seiner Geschichte hin.,
Nach einem dreitägigen Prozess beriet die Jury vier Stunden lang und verurteilte Scott dann zu einer Katastrophe. Einen Monat später wurde er zu 10 Jahren lebenslanger Haft verurteilt, um nacheinander mit seiner 10-jährigen Einbruchsstrafe in Illinois zu laufen.
Scott legte Berufung ein, und im Februar 25, 1997, Das Missouri Court of Appeals warf die Verurteilung wegen Fehlverhaltens der Staatsanwaltschaft aus. Die Staatsanwaltschaft hatte der Verteidigung nicht von zwei Zeugen erzählt, die Scott angeblich gehört hatten, dass er absichtlich den Hebel gebrochen hatte., Er wurde 1998 erneut versucht und am 30.April nach dreistündiger Beratung ein zweites Mal verurteilt. Das ursprüngliche Urteil wurde am 6. Juli wieder aufgehoben.
Scott verbüßt derzeit seine Strafe im Jefferson City Correctional Center, unter Missouri Department of Corrections ID # 1001364. Laut der Podcast-Episode „Criminal“ vom 8. September 2017 mit dem Titel „Catastrophe“ mit Scott ist er 2023 auf Bewährung berechtigt. Er beteuert seine Unschuld.
Adam Pitluk, ein ehemaliger Zeitreporter, schrieb ein Buch, Verdammt zur Ewigkeit und argumentierte, Scott sei unschuldig.