The Human Microbiome er samlingen av alle mikroorganismer som lever i tilknytning til den menneskelige kropp. Disse gruppene inkluderer eukaryotes, archaea, bakterier og virus. Bakterier i en gjennomsnittlig menneskekroppen nummer ti ganger mer enn det menneskelige celler, for en sum av ca 1000 flere gener enn de som er til stede i det menneskelige genom. På grunn av sin lille størrelse, men mikroorganismer utgjør bare ca 1 til 3 prosent av vår body mass (som er 2 til 6 pounds av bakterier i en 200-kilos person)., Disse mikrobene er vanligvis ikke skadelig for oss, faktisk de er essensielle for å opprettholde helse. For eksempel, de produserer visse vitaminer som vi ikke har gener å gjøre, bryte ned maten vår for å trekke ut næringsstoffene vi trenger for å overleve, lære våre immunforsvar hvordan å gjenkjenne farlige inntrengere og selv produsere nyttig anti-inflammatoriske stoffer som bekjempe andre sykdommer som forårsaker mikrober., Et stadig økende antall studier har vist at endringer i sammensetningen av våre microbiomes korrelerer med en rekke sykdom stater, øke muligheten for at manipulering av disse samfunnene kan brukes til å behandle sykdom.
The Human Microbiome Project (HMP) ble støttet av National Institutes of Health (NIH) Common Fund fra 2007 til 2016, med oppdrag å generere ressurser som vil gjøre det mulig for den omfattende karakterisering av human microbiome og analyse av dens rolle i menneskenes helse og sykdom., Dette området av nettstedet fokuserer på den første av en to-fase innsats, ofte referert til som HMP1, som løp fra 2008 til 2013. Fra Felles Fond nettside:
The Human Microbiome Project har blitt overført fra Felles Fond for støtte. Felles Fond programmer er strategiske investeringer som kan oppnå et sett av høy-effekt-mål innenfor en 5-10 års tidsramme. Ved avslutningen av hvert program, leveransen overgang til andre kilder som kan støtte eller bruk av bredere vitenskapelige samfunnet. Den HMP ble støttet av Felles Fond fra 2007 til 2016., Ikke-HMP investering i microbiome forskning på NIH har økt over førti ganger siden starten av HMP og spenner over 20 av NIH Institutter og Sentre. Vær oppmerksom på at siden HMP er ikke lenger støttet av Felles Fond, programmet nettstedet opprettholdes som et arkiv, og vil ikke bli oppdatert på en jevnlig basis.
Tradisjonell mikrobiologi historisk sett har vært fokusert på studiet av de enkelte arter som isolerte enheter., Men det store flertallet av mikrobiell arter som aldri har blitt isolert som levedyktig prøver for analyse, antagelig fordi deres vekst er avhengig av en bestemt microenvironment som ikke har vært, eller kan bli, reproduseres eksperimentelt. Fremskritt i DNA-sekvensering teknologi i midten av 2000-tallet bidratt til etableringen av et nytt forskningsfelt, som kalles metagenomics, noe som åpner for omfattende undersøkelse av mikrobielle samfunn uten behov for dyrking., I stedet for å undersøke genom av en individuell bakteriell belastning som har vært dyrket i et laboratorium, den metagenomic tilnærming undersøker samling av genomet som er avledet fra mikrobielle samfunn samplet fra naturlige miljøer. I HMP1, metagenomic metoder supplert genomisk analyse av kjent isolere stammer, som gir enestående informasjon om kompleksiteten av menneskelig mikrobielle samfunn.,
HMP1 preget den mikrobielle samfunn funnet på flere forskjellige steder på kroppen: nesegangene, munnhulen, hud, mage-tarmkanalen, og urogenital-traktus, og undersøkte den rollen disse mikrobene i helse og sykdom. 5 uttalt mål med prosjektet var
- Utvikling av en referanse satt av 3000 isolere mikrobiell genom sekvenser. I løpet av prosjektet, 3,055 genomet som er isolert fra menneskekroppen ble sekvensert til kladd eller full status. Les mer om referanse genom sekvensering innsats, inkludert metadata-tilgang.,
- Første 16S & mWGS metagenomic studier for å generere en beregning av kompleksiteten i det mikrobielle samfunnet i hver kropp stedet, og gir deg innledende svarene på spørsmål om det er en kjerne microbiome på hvert sted. 300 friske voksne mellom 18 og 40 ble prøvetatt på fem store kroppen nettsteder (munnhule, nesehulen, hud, mage-tarmkanalen og urogenital-traktus) med en total av 15 eller 18 bestemt kroppen nettsteder. Fagene var samplet på en til tre besøk, for en sum av over 11 000 prøver., Les mer om 16S & metagenomic prøvetaking og sekvensering innsats, inkludert metadata-tilgang.
- Demonstrasjon prosjekter for å bestemme forholdet mellom sykdom og endringer i human microbiome. Les mer om den er finansiert av Demonstrasjonsprosjekter.
- Utvikling av nye teknologier og verktøy for analyse beregningsorientert, etablering av et data-analyse og koordinerende senter (DACC), og ressurs-prosjekt. Les mer om protokoller og verktøy som benyttes av den HMP1 consortium.,
- håndtering av etiske, juridiske og sosiale konsekvenser (ELSI) for å bli vurdert i studien og anvendelse av metagenomic analyse av den menneskelige microbiota. Les mer om den er finansiert ELSI studier.
HMP1 var et tverrfaglig innsats bestående av fire sekvensering sentre (Broad Institute, Baylor College of Medicine, Washington University School of Medicine, og J., Craig Venter Institute), en Data-Analyse og Coordination Center (DACC), og flere uavhengige etterforskere involvert i demonstrasjonsprosjekter ser nærmere på assosiasjoner mellom microbiome og menneskelig helse og sykdom, verktøy og teknologi-utvikling, og identifisering av etiske implikasjoner. Se hele consortium medlemskap.