Het menselijke Microbiome is de verzameling van alle micro-organismen die in associatie met het menselijk lichaam leven. Deze gemeenschappen omvatten eukaryotes, archaea, bacteriën en virussen. Bacteriën in een gemiddeld menselijk lichaam aantal tien keer meer dan menselijke cellen, voor een totaal van ongeveer 1000 meer genen dan aanwezig zijn in het menselijk genoom. Vanwege hun kleine omvang, echter, micro-organismen maken slechts ongeveer 1 tot 3 procent van onze lichaamsmassa (dat is 2 tot 6 Pond van bacteriën in een 200-pond volwassen)., Deze microben zijn over het algemeen niet schadelijk voor ons, in feite zijn ze essentieel voor het behoud van de gezondheid. Ze produceren bijvoorbeeld bepaalde vitaminen die we niet de genen hebben om te maken, breken ons voedsel af om voedingsstoffen te extraheren die we nodig hebben om te overleven, leren ons immuunsysteem hoe gevaarlijke indringers te herkennen en produceren zelfs nuttige ontstekingsremmende stoffen die andere ziekteverwekkende microben bestrijden., Een steeds groeiend aantal studies heeft aangetoond dat de veranderingen in de samenstelling van onze microbiomen met talrijke ziektestaten correleren, die de mogelijkheid verhogen dat manipulatie van deze gemeenschappen kan worden gebruikt om ziekte te behandelen.
Het Human Microbiome Project (HMP) werd van 2007 tot en met 2016 ondersteund door het National Institutes of Health (NIH) Common Fund, met de missie om middelen te genereren die een uitgebreide karakterisering van het humane microbiome en analyse van zijn rol in de gezondheid en ziekte van de mens mogelijk zouden maken., Dit gebied van de website richt zich op de eerste van een twee-fase inspanning, vaak aangeduid als HMP1, die liep van 2008 tot en met 2013. Van de website van het gemeenschappelijk fonds:
het project menselijke Microbiome is overgeschakeld van steun uit het gemeenschappelijk fonds. Common Fund programma ‘ s zijn strategische investeringen die een set van high-impact doelen te bereiken binnen een 5-10 jaar tijdsbestek. Aan het einde van elk programma, deliverables transitie naar andere bronnen van ondersteuning of gebruik door de bredere wetenschappelijke gemeenschap. Het HMP werd tussen 2007 en 2016 ondersteund door het gemeenschappelijk fonds., De niet-HMP investering in microbiome onderzoek aan de NIH is meer dan veertig keer gestegen sinds de oprichting van de HMP en omvat meer dan 20 van de NIH instituten en centra. Houd er rekening mee dat aangezien de HMP niet langer wordt ondersteund door het gemeenschappelijk Fonds, de website van het programma wordt onderhouden als een archief en zal niet regelmatig worden bijgewerkt.
traditionele microbiologie heeft zich historisch gericht op de studie van individuele soorten als geïsoleerde eenheden., De overgrote meerderheid van microbiële species zijn echter nooit met succes geïsoleerd als levensvatbare specimens voor analyse, vermoedelijk omdat hun groei afhankelijk is van een specifieke microomgeving die niet experimenteel is of niet experimenteel kan worden gereproduceerd. De vooruitgang in het rangschikken van DNA technologieën in het midden van 2000s droeg tot de verwezenlijking van een nieuw gebied van onderzoek, genoemd metagenomics bij, die voor uitvoerig onderzoek van microbiële gemeenschappen zonder de behoefte aan teelt toestaan., In plaats van het onderzoeken van het genoom van een individuele bacteriële stam die in een laboratorium is gegroeid, onderzoekt de metagenomic benadering de inzameling van genomen uit microbiële gemeenschappen die van natuurlijke milieu ‘ s worden bemonsterd worden afgeleid. In HMP1, vulden de metagenomic methodes genomic analyses van bekende isolate spanningen aan, die ongekende informatie over de ingewikkeldheid van menselijke microbiële gemeenschappen verstrekken.,
HMP1 karakteriseerde de microbiële gemeenschappen gevonden op verschillende plaatsen op het menselijk lichaam: neusholte, mondholte, huid, maagdarmkanaal en urogenitale kanaal, en onderzocht de rol van deze microben in de gezondheid en ziekte van de mens. De vijf genoemde doelstellingen van het project waren de ontwikkeling van een referentieset van 3.000 isolaat microbiële genoomsequenties. In de loop van het project, werden 3.055 genomen geïsoleerd uit het menselijk lichaam gesequenced aan ontwerp of volledige status. Lees meer over reference genome sequencing inspanningen, met inbegrip van toegang tot metadata.,