podczas wojen napoleońskich w Europie hiszpańskie kolonie nowego świata zaczęły zarządzać własnymi sprawami., Rosnąca Autonomia doprowadziła ostatecznie do dążenia do niepodległości, a Zjednoczone prowincje Río De La Plata, dziś znane jako Argentyna, ogłosiły swoją suwerenność w trójkolorze poziomym niebiesko-biało-niebieskim. Flaga ta została wywieziona przez korsarza Luísa Aury na Karaiby w 1818 roku. Mimo że przeleciała tylko krótko nad Wyspami Santa Catalina u wybrzeży Ameryki Środkowej, flaga zainspirowała hiszpańskich poddanych w tym rejonie, którzy szukali wolności., Niepodległość Ameryki Środkowej została po raz pierwszy ogłoszona 15 września 1821 roku, a odzyskana po dwóch latach rządów Meksyku w 1823 roku. Przywódcą ruchu przeciwko meksykańskim rządom był pułkownik Manuel José Arce z Salwadoru. Jego flaga z niebiesko-biało-niebieskimi poziomymi pasami została pobłogosławiona w kościele San Salvador 20 lutego 1822 roku i ostatecznie stała się flagą narodową Zjednoczonych Prowincji Ameryki Środkowej.
Po tym, jak Zjednoczone Prowincje Ameryki Środkowej rozpadły się na pięć oddzielnych państw, Salwador nadal używał swojej flagi do 1865 roku., Następnie przez ponad cztery dekady używana była inna Flaga narodowa, która przypominała gwiazdy i pasy Stanów Zjednoczonych. 15 września 1912 roku ponownie wprowadzono niebiesko-biało-niebieską flagę. Z niewielkimi modyfikacjami (ostatni we wrześniu 1972), stoi dziś jako przypomnienie jedności Ameryki Środkowej. Herb w centrum flagi przypomina ten używany przez byłą Federację Środkowoamerykańską i zawiera dewizę narodową „Dios, unión, libertad” („Bóg, Unia, wolność”). Zobacz także historię flagi Gwatemali, Nikaragui, Kostaryki i Hondurasu.