ze względu na komplementarny charakter parowania zasad między polimerami kwasu nukleinowego, dwuniciowa cząsteczka DNA będzie składać się z dwóch nici z sekwencjami, które są odwrotnymi uzupełnieniami siebie. Aby pomóc biologom molekularnym w specyficznej identyfikacji każdej nici z osobna, dwie nici są zwykle zróżnicowane jako nić „zmysłowa” i nić „antysensowna”., Pojedyncza nić DNA jest określana jako dodatni zmysł (również dodatni (+) lub po prostu zmysł), jeśli jej Sekwencja nukleotydowa odpowiada bezpośrednio sekwencji transkryptu RNA, która jest tłumaczona lub przekształcana w sekwencję aminokwasów (pod warunkiem, że wszelkie zasady tyminowe w sekwencji DNA są zastąpione zasadami uracylu w sekwencji RNA). Druga nić dwuniciowej cząsteczki DNA jest określana jako ujemny sens (także ujemny ( – ) lub antysensowy) i jest odwrotnym uzupełnieniem zarówno nici dodatniego sensu, jak i transkrypcji RNA., W rzeczywistości jest to nitka antysensowa, która jest używana jako szablon, z którego polimerazy RNA konstruują transkrypt RNA, ale komplementarne parowanie zasad, za pomocą którego zachodzi polimeryzacja kwasu nukleinowego, oznacza, że sekwencja transkryptu RNA będzie wyglądać identycznie z nicią sense, z wyjątkiem stosowania uracylu zamiast tyminy w transkrypcie RNA.
czasami spotyka się Zwroty kodujące nić i nić szablonową, odpowiednio w miejsce sensu i antysensowości, a w kontekście dwuniciowej cząsteczki DNA użycie tych terminów jest zasadniczo równoważne., Jednak kodowanie/sens nie zawsze musi zawierać kod, który jest używany do wytwarzania białka; zarówno kodujące białko, jak i niekodujące RNA mogą być transkrybowane.
terminy „sens” i „antysens” odnoszą się tylko do danego transkryptu RNA, a nie do nici DNA jako całości. Innymi słowy, albo nić DNA może służyć jako nić sens lub antysens. Większość organizmów z wystarczająco dużymi genomami korzysta z obu nici, przy czym każda z nich funkcjonuje jako nici wzorcowe dla różnych transkryptów RNA w różnych miejscach wzdłuż tej samej cząsteczki DNA., W niektórych przypadkach transkrypty RNA mogą być transkrybowane w obu kierunkach (tj. na jednej nici) ze wspólnego regionu promotora lub być transkrybowane z wewnątrz intronów na jednej nici(patrz „ambisense” poniżej).
Antisense DNAEdit
DNA sense strand wygląda jak transcript messenger RNA (mRNA) i dlatego może być używany do odczytu oczekiwanej sekwencji kodonów, która ostatecznie zostanie wykorzystana podczas translacji (syntezy białek) do budowy sekwencji aminokwasów, a następnie białka., Na przykład Sekwencja ” ATG „w pasmie DNA odpowiada kodonowi” AUG ” w mRNA, który koduje aminokwas metioninę. Jednak sama nić DNA sense nie jest używana jako szablon dla mRNA; jest to nić antysensowna DNA, która służy jako źródło kodu białka, ponieważ z zasadami uzupełniającymi nić DNA sense, jest używana jako szablon dla mRNA. Ponieważ transkrypcja skutkuje produktem RNA komplementarnym do nici wzorca DNA, mRNA jest komplementarny do nici antysensownej DNA.,
schemat pokazujący, w jaki sposób antysensowne nici DNA mogą zakłócać translację białek
stąd, triplet bazowy 3′-TAC-5′ W nici antysensowej DNA (uzupełniającej 5′-ATG-3′ nici DNA) jest używany jako szablon, który skutkuje 5′-AUG-trójnik bazowy 3′ w mRNA. DNA sense strand będzie miał triplet ATG, który wygląda podobnie do mRNA triplet AUG, ale nie będzie używany do wytwarzania metioniny, ponieważ nie będzie bezpośrednio używany do wytwarzania mRNA., Nić DNA sens nazywa się nicią „sens” nie dlatego, że będzie używana do wytwarzania białka (nie będzie), ale dlatego, że ma sekwencję, która odpowiada bezpośrednio sekwencji kodonu RNA. Według tej logiki sam transkrypt RNA jest czasami określany jako „sens”.,
przykład z dwuniciowym DNAEdit
DNA strand 1: antisense strand (transcribed to) → RNA strand (sense) DNA strand 2: sense strand
niektóre regiony w obrębie dwuniciowego kodu cząsteczki DNA dla genów, które są zwykle instrukcjami określającymi kolejność, w jakiej aminokwasy są montowane do białek, jak również sekwencje regulacyjne, miejsca splicingu, niekodujące introny i inne produkty genów. Aby komórka mogła wykorzystać te informacje, jedna nić DNA służy jako szablon do syntezy komplementarnej nici RNA., Transkrybowana nić DNA nazywana jest nicią wzorcową, z sekwencją antysensowną, a transkrypt mRNA wytworzony z niej jest określany jako sekwencja sensowna (dopełnienie antysensowności). Untranscribed DNA strand, komplementarne do transkrybowanej nici, mówi się również, że ma sekwencję zmysłową; ma taką samą sekwencję zmysłową jak transkrypt mRNA (chociaż zasady T w DNA są zastępowane przez zasady U w RNA).
| 3’CGCTATAGCGTTT 5′ | nici antysensowne DNA (szablon/noncoding) | używane jako szablon do transkrypcji., |
| 5′GCGATATCGCAAA 3′ | DNA sense strand (nontemplate/coding) | Complementary to the template strand. |
| 5′GCGAUAUCGCAAA 3′ | mRNA sense transcript | RNA strand that is transcribed from the noncoding (template/antisense) strand. Note1: Except for the fact that all thymines are now uracils (T → U), it is complementary to the noncoding (template/antisense) DNA strand and identical to the coding (nontemplate/sense) DNA strand., |
| 3’CGCUAUAGCGUUU 5′ | mRNA transkrypcja antysensowna | nić RNA, która jest transkrybowana z nici kodującej (nontemplate/sense). Uwaga: Z wyjątkiem faktu, że wszystkie tyminy są obecnie uracyl (T → U), jest on komplementarny do nici kodującej (nontemplate/sense) DNA i identyczny z nicią kodującą (template/antisense) DNA., |
nazwy przypisane do każdej nici w rzeczywistości zależą od tego, w którym kierunku piszesz sekwencję zawierającą informacje o białkach (informacje „sensu”), a nie od tego, która nić jest przedstawiona jako „na górze” lub „na dole” (co jest dowolne)., Jedyną informacją biologiczną, która jest ważna dla etykietowania nici, są względne lokalizacje końcowej grupy fosforanowej 5′ i końcowej grupy hydroksylowej 3′ (na końcach nici lub sekwencji, o której mowa), ponieważ te końce określają kierunek transkrypcji i translacji. Sekwencja zapisana 5′-CGCTAT-3’jest równoznaczna z sekwencją zapisaną 3′-TATCGC-5′, o ile zaznaczone są końce 5′ I 3′. Jeśli końce nie są oznaczone, konwencja zakłada, że obie sekwencje są zapisane w kierunku 5′-do-3′., „Watson strand” odnosi się do 5′-to-3′ górnej nici (5’→3′), podczas gdy „Crick strand” odnosi się do 5′-to-3′ dolnej nici (3’←5′). Zarówno nici Watsona, jak i Cricka mogą być pasmami zmysłowymi lub antysensownymi w zależności od specyficznego produktu genowego z nich wytworzonego.,
na przykład notacja „YEL021W”, alias genu URA3 używanego w bazie danych National Center for Biotechnology Information (NCBI), oznacza, że gen ten znajduje się w 21.otwartej ramce odczytu (ORF) z centromeru lewego ramienia (L) chromosomu drożdży (Y) V (E), a pasmem kodującym wyrażenie jest pasmem Watsona (w). „YKL074C” oznacza 74. ORF na lewo od centromeru chromosomu XI i że nić kodująca to nić Cricka (C). Powszechnie stosuje się również inne mylące określenia odnoszące się do nici „Plus” i „Minus”., Niezależnie od tego, czy pasemka jest sens (dodatnia) czy antysensowna( ujemna), domyślną sekwencją zapytań w NCBI jest pasemka „Plus”.