Le Microbiome humain est la collection de tous les micro-organismes vivant en association avec le corps humain. Ces communautés comprennent les eucaryotes, les archées, les bactéries et les virus. Les bactéries dans un nombre moyen de corps humain dix fois plus que les cellules humaines, pour un total d’environ 1000 plus de gènes que sont présents dans le génome humain. En raison de leur petite taille, cependant, les micro-organismes ne représentent qu’environ 1 à 3 pour cent de notre masse corporelle (c’est 2 à 6 livres de bactéries chez un ADULTE de 200 livres)., Ces microbes ne nous sont généralement pas nocifs, en fait ils sont essentiels au maintien de la santé. Par exemple, ils produisent certaines vitamines que nous n’avons pas les gènes pour fabriquer, décomposent nos aliments pour extraire les nutriments dont nous avons besoin pour survivre, enseignent à notre système immunitaire comment reconnaître les envahisseurs dangereux et produisent même des composés anti-inflammatoires utiles qui combattent d’autres microbes pathogènes., Un nombre croissant d’études ont démontré que les changements dans la composition de nos microbiomes sont en corrélation avec de nombreux états pathologiques, ce qui soulève la possibilité que la manipulation de ces communautés puisse être utilisée pour traiter la maladie.
Le Human Microbiome Project (HMP) a été soutenu par le National Institutes of Health (NIH) Common Fund de 2007 à 2016, avec pour mission de générer des ressources qui permettraient la caractérisation complète du microbiome humain et l’analyse de son rôle dans la santé et la maladie humaines., Cette section du site Web se concentre sur la première d’un effort en deux phases, souvent appelé HMP1, qui s’est déroulé de 2008 à 2013. Sur le site Web du fonds commun:
le projet sur le Microbiome humain est passé du soutien du fonds commun. Fonds commun des programmes d’investissements stratégiques qui permettent d’atteindre un ensemble de buts dans les 5 à 10 ans. À la fin de chaque programme, les produits livrables passent à d’autres sources de soutien ou d’utilisation par la communauté scientifique en général. Le PGH a été soutenu par le fonds commun de 2007 à 2016., Les investissements Non-HMP dans la recherche sur le microbiome au NIH ont été multipliés par Plus de quarante depuis la création du HMP et couvrent plus de 20 instituts et centres du NIH. Veuillez noter que puisque le PGH n’est plus pris en charge par le fonds commun, le site Web du programme est maintenu comme archive et ne sera pas mis à jour régulièrement.
la microbiologie traditionnelle s’est historiquement concentrée sur l’étude des espèces individuelles en tant qu’unités isolées., Cependant, la grande majorité des espèces microbiennes n’ont jamais été isolées avec succès en tant que spécimens viables pour analyse, probablement parce que leur croissance dépend d’un microenvironnement spécifique qui n’a pas été, ou ne peut pas être, reproduit expérimentalement. Les progrès des technologies de séquençage de l’ADN au milieu des années 2000 ont contribué à la création d’un nouveau domaine de recherche, appelé métagénomique, permettant un examen complet des communautés microbiennes sans avoir besoin de culture., Au lieu d’examiner le génome d’une souche bactérienne individuelle qui a été cultivée en laboratoire, l’approche métagénomique examine la collection de génomes dérivés de communautés microbiennes échantillonnées dans des environnements naturels. Dans HMP1, les méthodes métagénomiques complétaient les analyses génomiques de souches d’isolats connues, fournissant des informations sans précédent sur la complexité des communautés microbiennes humaines.,
Le HMP1 a caractérisé les communautés microbiennes trouvées à plusieurs endroits différents du corps humain: voies nasales, cavité buccale, peau, tractus gastro-intestinal et tractus urogénital, et a examiné le rôle de ces microbes dans la santé et la maladie humaines. Les 5 objectifs déclarés du projet étaient
- développement d’un ensemble de référence de 3 000 séquences génomiques microbiennes isolées. Au cours du projet, 3 055 génomes isolés du corps humain ont été séquencés à l’état provisoire ou complet. En savoir plus sur les efforts de séquençage du génome de référence, y compris l’accès aux métadonnées.,
- Initial 16S & mWGS études métagénomiques pour générer une estimation de la complexité de la communauté microbienne à chaque corps, à fournir les premières réponses à la question de savoir s’il est l’un des principaux microbiome à chaque site. 300 adultes en bonne santé âgés de 18 à 40 ans ont été échantillonnés dans cinq principaux sites corporels (cavité buccale, cavité nasale, peau, tractus gastro-intestinal et tractus urogénital) avec un total de 15 ou 18 sites corporels spécifiques. Les sujets ont été échantillonnés à une ou trois visites, pour un total de plus de 11 000 échantillons., En savoir plus sur 16S & les efforts d’échantillonnage et de séquençage métagénomiques, y compris l’accès aux métadonnées.
- projets de démonstration pour déterminer la relation entre la maladie et les changements dans le microbiome humain. En lire plus sur les projets pilotes financés par l’.
- développement de nouvelles technologies et outils pour l’analyse computationnelle, création d’un centre d’analyse et de coordination des données (DACC) et de référentiels de ressources. En savoir plus sur les protocoles et les outils utilisés par le consortium HMP1.,
- l’Examen des questions éthiques, juridiques et sociales (QEJS) à considérer dans l’étude et l’application de l’analyse métagénomique du microbiote humain. En savoir plus sur les études ELSI financées.
le HMP1 était un effort interdisciplinaire comprenant quatre centres de séquençage (le Broad Institute, le Baylor College of Medicine, La Washington University School of Medicine et le J., Craig Venter Institute), un centre D’analyse et de Coordination des données (DACC), et plusieurs chercheurs indépendants impliqués dans des projets de démonstration qui examinent de plus près les associations entre le microbiome et la santé et la maladie humaines, le développement d’outils et de technologies et l’identification des implications éthiques. Voir la composition complète du consortium.