v roce 1997, Anjouan a Mohéli jednostranně vyhlásilo svou nezávislost na Islámskou Federativní Republikou Komory a přál si se připojit k Francii, ale Francie odmítla. Tento pokus o odtržení vedl k embargu vedenému RFIC a OAU. Zatímco v roce 1998 Mohéli pod záštitou OAU znovu přijal Moroniho autoritu, Anjouan stále odmítl.,
v únoru roku 1999, Plukovník Azali Assoumani vzal moc nad Grande Comore svržením tádžičtina prozatímní prezident řekl ben Massounde, Anjouan, což způsobuje vážné institucionální krize. Plukovník Assoumani vede plodnější jednání s plukovníkem Mohamedem Bacarem z Anjouanu o vyřešení krize.
tato krize bude vyřešena podpisem dohod fomboni z let 2000/2001 a referendem ze dne 23. prosince 2001., S tímto procesem národního usmíření, tři ostrovy opět tvoří entitu s novou ústavou pod záštitou OAU : Unie komor. V souladu s ústavou se v roce 2006 konaly volby, které vyhrál Ahmed Abdallah Mohamed Sambi.
v roce 2007, Mohamed Bacar, prezident Anjouanu od roku 2002, opět usiluje o nezávislost na ostrově, poté, co vyhrál rotující předsednictví Unie, napadeno Grande Comore., Dne 23. března 2008 poslal prezident Komory Ahmed Abdallah Mohamed Sambi armádu země podporovanou Africkou unií, aby zahájila útok na ostrov Anjouan. Hlavní město padlo o dva dny později a plukovník Bacar uprchl.
v květnu 2009 prezident Sambi vyzval Komorské voliče k Ústavnímu referendu, které schválilo 93% voličů. Tato nová ústava, která opravuje ústavu z roku 2001, posiluje pravomoci prezidenta Unie, pravomoci ostrovů se stávají „guvernéry“ s větší autonomií., Islám se stává „státním náboženstvím“, zatímco předchozí Ústava jej definovala pouze jako „inspirátora pravidel a zásad, které řídí spojení komor“. A funkční období prezidenta se prodlužuje o jeden rok. Jeho nástupce Ikillou Dhoinin, který byl jeho viceprezidentem od roku 2006, byl zvolen dne 26.prosince 2010 a účinně ho následoval dne 26. května 2011.,
od ložiska uhlovodíků byly objeveny v Mosambiku v roce 2010, Ikililou Dhoinine oprávněn Tullow Oil provádět průzkumné kampaně v roce 2012, aby se pokusili detekovat přítomnost ropných zdrojů mimo souostroví. Tato vyhlídka dělá vůdce sen. Země, která prochází demografickým nárůstem, zažívá ekonomické potíže, polovina obyvatel žije pod hranicí chudoby a někteří trpí hladem. V prezidentských volbách v roce 2016 je kandidátem moci jeho viceprezident Mohamed Ali Soilihi., Ten ale po průzkumu se zvraty vede bývalý putschista Azali Assoumani s 41,43% proti 39,67% hlasů.
na 30. července 2018, Comorians schválili v referendu novou ústavní reformu, která dále posílila pravomoci prezidenta, včetně umožnění ho běžet po dobu dvou po sobě jdoucích termínů. Tato reforma také podpořila zrušení funkce místopředsedy a zrušila Ústavní soud ve prospěch Nejvyššího soudu.