i 1997, Anjouan og Mohéli ensidigt erklæret deres uafhængighed fra den Islamiske forbundsrepublik Comorerne og ønskede at slutte sig til Frankrig, men Frankrig nægtede. Dette forsøg på løsrivelse førte til en embargo ledet af RFIC og OAU. Mens i 1998, under OAU ‘ s regi, accepterede Mohlili igen Moronis myndighed, nægtede Anjouan stadig.,
i februar 1999, Oberst Azali Assoumani tog magten over Grande Comore ved at vælte tadsjikiske midlertidige præsident, ben sagde Massounde, en Anjouan, der forårsager en alvorlig institutionel krise. Oberst Assoumani fører mere frugtbare forhandlinger med oberst Mohamed Bacar fra Anjouan for at løse krisen.
denne krise vil blive løst med undertegnelsen af fomboniaftalerne fra 2000/2001 og folkeafstemningen den 23.December 2001., Med denne proces med national forsoning udgør de tre øer endnu en gang en enhed med en ny forfatning under OAU ‘ s regi : Unionen Comorerne. I overensstemmelse med forfatningen blev der afholdt valg i 2006, som blev vundet af Ahmed Abdallah Mohamed Sambi.
i 2007, Mohamed Bacar, formand for Anjouan siden 2002, igen søgte uafhængighed til øen, efter at han netop havde vundet det roterende formandskab for Eu, anfægtede af Grande Comore., Den 23. marts 2008 sendte præsidenten for Comorerne Ahmed Abdallah Mohamed Sambi landets hær, støttet af Den Afrikanske Union, for at iværksætte et angreb på øen Anjouan. Hovedstaden faldt to dage senere, og oberst Bacar flygtede.
i maj 2009 kaldte præsident Sambi Comoriske vælgere til en forfatningsmæssig folkeafstemning, som blev godkendt af 93% af vælgerne. Denne nye forfatning, der korrigerer 2001, styrker Unionens præsidents beføjelser, og øernes beføjelser bliver” guvernører ” med større autonomi., Islam bliver “statsreligion”, mens den tidligere forfatning kun definerede den som “inspirator af de regler og principper, der styrer Unionen Comorerne”. Og præsidentens mandat forlænges med et år. Hans efterfølger Ikililou Dhoinine, der havde været hans vicepræsident siden 2006, blev valgt den 26. December 2010 og lykkedes ham effektivt den 26.maj 2011.,
da kulbrinte indskud blev opdaget i Mozambique i 2010, Ikililou Dhoinine autoriseret Tullow Oil til at gennemføre en efterforskning-kampagne i 2012 til at forsøge at påvise tilstedeværelsen af olie ressourcer fra det sydfynske øhav. Denne udsigt får ledere til at drømme. Landet, der gennemgår en demografisk stigning, oplever økonomiske vanskeligheder, halvdelen af befolkningen lever under fattigdomsgrænsen, og nogle lider af sult. I præsidentvalget i 2016 er magtens kandidat hans vicepræsident Mohamed Ali Soilihi., Men denne er foran, efter en afstemning med vendinger, af den tidligere putschist a .ali Assoumani med 41,43% mod 39,67% af afstemningen.
den 30.juli 2018 godkendte Comorerne ved folkeafstemning en ny forfatningsreform, der yderligere styrkede præsidentens beføjelser, herunder at lade ham løbe i to på hinanden følgende valgperioder. Denne reform støttede også afskaffelsen af posten som næstformand og afskaffede forfatningsdomstolen til fordel for Højesteret.