in 1997 verklaarden Anjouan en Mohéli zich eenzijdig onafhankelijk van de Islamitische Bondsrepubliek der Comoren en wilden zich bij Frankrijk aansluiten, maar Frankrijk weigerde. Deze afscheidingspoging leidde tot een embargo onder leiding van de RFIC en de OAE. Terwijl Mohéli in 1998, onder auspiciën van de OAE, Moroni ‘ s gezag weer accepteerde, weigerde Anjouan nog steeds., in februari 1999 nam kolonel Azali Assoumani de macht over Grande Comore over door de Tadzjiekse interim-president Ben said Massounde, een Anjouan, omver te werpen. Kolonel Assoumani voert vruchtbare onderhandelingen met kolonel Mohamed Bacar van Anjouan om de crisis op te lossen.deze crisis zal worden opgelost met de ondertekening van de akkoorden van fomboni van 2000/2001 en het referendum van 23 December 2001., Met dit proces van nationale verzoening vormen de drie eilanden opnieuw een entiteit met een nieuwe grondwet onder auspiciën van de OAE : de Unie van de Comoren. Volgens de grondwet werden in 2006 verkiezingen gehouden, die werden gewonnen door Ahmed Abdallah Mohamed Sambi.
Comoren (land)
gedetailleerd artikel: invasie van Anjouan in 2008.in 2007 zocht Mohamed Bacar, president van Anjouan sinds 2002, opnieuw onafhankelijkheid voor het eiland, nadat hij net het roulerend voorzitterschap van de Unie had gewonnen, betwist door Grande Comore., Op 23 maart 2008 zond de president van de Comoren Ahmed Abdallah Mohamed Sambi het leger van het land, gesteund door de Afrikaanse Unie, om een aanval uit te voeren op het eiland Anjouan. De hoofdstad viel twee dagen later en kolonel Bacar vluchtte. in Mei 2009 riep president Sambi De Comorese kiezers op voor een grondwettelijk referendum, dat werd goedgekeurd door 93% van de kiezers. Deze nieuwe grondwet, die de grondwet van 2001 corrigeert, versterkt de bevoegdheden van de president van de Unie, die van de eilanden worden “gouverneurs” met een grotere autonomie., De Islam wordt ” staatsgodsdienst “, terwijl de vorige Grondwet deze alleen definieerde als ” inspirator van de regels en beginselen die de Unie der Comoren regeren “. En de ambtstermijn van de president wordt met een jaar verlengd. Zijn opvolger Ikililou Dhoinine, die sinds 2006 zijn vicepresident was, werd op 26 December 2010 verkozen en volgde hem effectief op op 26 mei 2011., sinds de ontdekking van koolwaterstofafzettingen in Mozambique in 2010, gaf Ikililou Dhoinine Tullow Oil toestemming om in 2012 een prospectiecampagne te voeren om de aanwezigheid van oliebronnen voor de kust van de archipel op te sporen. Dit vooruitzicht doet leiders dromen. Het land, dat een sterke demografische ontwikkeling doormaakt, kampt met economische moeilijkheden, de helft van de bevolking leeft onder de armoedegrens en sommigen lijden honger. Bij de presidentsverkiezingen van 2016 is de kandidaat van de macht zijn vicepresident Mohamed Ali Soilihi., Maar deze staat voor, na een poll met wendingen, door de voormalige putschist Azali Assoumani met 41,43% tegen 39,67% van de stemmen,.op 30 juli 2018 stemden de Comorianen in een referendum in met een nieuwe grondwetshervorming die de bevoegdheden van de president verder versterkte, met inbegrip van de mogelijkheid om zich voor twee opeenvolgende termijnen kandidaat te stellen. Deze hervorming steunde ook de afschaffing van de functie van vicepresident en schafte het Grondwettelijk Hof ten gunste van het Hooggerechtshof.