w 1997 r. Anjouan i Moheli jednostronnie ogłosili niepodległość od Islamskiej Republiki Federalnej komory i chcieli dołączyć ją do Francji, ale Francja odmówiła. Ta próba secesji prowadzi do wprowadzenia embarga przez RFIK i OAE. Chociaż w 1998 r. pod auspicjami OAE Moheli ponownie objął władzę Moronia, Anjouan nadal odmawia.,
w lutym 1999 r. pułkownik azali Assumani przejął władzę nad Wielką komorą, obalając tymczasowego prezydenta Tadżykistanu BEN Saida Massunde, Anjouan, co spowodowało poważny kryzys instytucjonalny. Pułkownik Assumani kontynuuje bardziej owocne negocjacje z pułkownikiem Mohamedem Bakarem z Anjouan w celu rozwiązania kryzysu.
kryzys ten zostanie rozwiązany przez podpisanie porozumień fombońskich 2000/2001 i referendum 23 grudnia 2001., W wyniku tego procesu pojednania narodowego wszystkie trzy Wyspy ponownie tworzą nową formację z nową konstytucją pod auspicjami OAE-Unia Komorów. Zgodnie z konstytucją w 2006 roku odbyły się wybory, które wygrał Ahmed Abdullah Mohamed Sambi.
w 2007 r. Mohamed Bakar, prezydent Anjouana od 2002 r., ponownie dąży do niepodległości Wyspy, po tym jak właśnie objął obrotowe przewodnictwo w Unii zakwestionowane przez Wielką komorę., 23 marca 2008 prezydent Komorów Ahmed Abdullah Mohamed Sambi wysłał armię tego kraju przy wsparciu Unii Afrykańskiej do rozpoczęcia szturmu na wyspę Anjouan. Dwa dni później stolica spada, a pułkownik Bakar ucieka.
w maju 2009 roku prezydent Sambi zwołuje wyborców Komorów na referendum konstytucyjne, które jest zatwierdzone przez 93 % wyborców. Ta nowa konstytucja, która poprawiła konstytucję z 2001 r., wzmacnia uprawnienia prezydenta Unii, ponieważ Wyspy stają się „gubernatorami” o szerszej autonomii., Islam staje się „religią państwową”, podczas gdy poprzednia Konstytucja określała go jedynie jako” mózg zasad i zasad rządzących Unią Komorów”, a kadencja prezydenta jest przedłużana o rok. Jego następca Ikililu Dhoinin, który był jego wiceprezesem od 2006 r., został wybrany 26 grudnia 2010 r. i faktycznie zastąpił go 26 maja 2011 r.,
ponieważ złoża węglowodorów zostały odkryte w Mozambiku w 2010 r., Ikililou Dhoinine w 2012 r.zezwala firmie Tullow Oil na eksplorację w celu wykrycia zasobów ropy u wybrzeży archipelagu. Taka perspektywa sprawia, że menedżerowie marzą. Kraj cierpi z powodu gwałtownego wzrostu demograficznego, boryka się z trudnościami gospodarczymi, połowa jego populacji żyje poniżej granicy ubóstwa, a część cierpi z powodu głodu. W wyborach prezydenckich w 2016 kandydatem władzy jest jego wiceprezydent Mohamed Ali Soilihi., Ale wyprzedza, po wyborach z zakrętami, byłego puczysta azali Assumani z 41,43% wobec 39,67% głosów,.
30 lipca 2018, Komorowie zatwierdzają referendum nową reformę konstytucyjną, która dodatkowo wzmacnia kompetencje prezydenta, umożliwiając mu m.in. kandydowanie na dwie kolejne kadencje. Reforma ta aprobuje również zniesienie urzędu wiceprezydenta i znosi Trybunał Konstytucyjny na rzecz Sądu Najwyższego.