vuonna 1997, Anjouan ja Mohéli yksipuolisesti julisti itsenäisyytensä Islamilaisen Liittotasavallan Komorien ja halusi liittyä Ranskaan, mutta Ranska kieltäytyi. Tämä irtautumisyritys johti RFIC: n ja OAU: n johtamaan kauppasaartoon. Vaikka vuonna 1998 Mohéli hyväksyi jälleen Moronin vallan OAU: n alaisuudessa, Anjouan kieltäytyi silti.,
helmikuussa 1999, Eversti Azali Assoumani otti vallan Grande Comore, jonka kaatamiseen Tajik väliaikainen puhemies ben sanoi Massounde, on Anjouan, aiheuttaen vakavan institutionaalisen kriisin. Eversti Assoumani käy hedelmällisempiä neuvotteluja Anjouanin eversti Mohamed Bacarin kanssa kriisin ratkaisemiseksi.
tämä kriisi ratkaistaan allekirjoittamalla fombonin sopimukset 2000/2001 ja kansanäänestyksellä 23.joulukuuta 2001., Tällä kansallisen sovinnon prosessilla nämä kolme saarta muodostavat jälleen kokonaisuuden, jolla on OAU : n alaisuudessa uusi perustuslaki: Komorien liitto. Perustuslain mukaisesti vuonna 2006 järjestettiin vaalit, jotka voitti Ahmed Abdallah Mohamed Sambi.
vuonna 2007, Mohamed Bacar, puheenjohtaja Anjouan vuodesta 2002, kun taas pyrki itsenäisyyden saarella, kun hän oli juuri voittanut kiertävä puheenjohtajuus Unionin kiistäneet Grande Comore., 23. Maaliskuuta 2008 puheenjohtaja Komorien Ahmed Mohamed Abdallah Sambi lähetti maan armeijan tukemaa Afrikan Unionin, käynnistää hyökkäys Anjouanin saarella,. Pääkaupunki kukistui kaksi päivää myöhemmin ja eversti Bacar pakeni.
toukokuussa 2009 presidentti Sambi kutsui Komorien Äänestäjät perustuslailliseen kansanäänestykseen, jonka hyväksyi 93 prosenttia äänestäjistä. Tämä uusi perustuslaki, korjaamaan 2001, vahvistaa presidentin valtaoikeuksia Unionin, nuo saaret tulossa ”valtuusto”, jossa suurempi autonomia., Islam tulee ” valtion uskonto ”, kun taas edellinen Perustuslaki määritteli sen vain ” innoittajana sääntöjä ja periaatteita, jotka ohjaavat Komorien liiton ”. Presidentin toimikautta jatketaan vuodella. Hänen seuraajansa Ikililou Dhoinine, joka oli ollut hänen varapuheenjohtaja vuodesta 2006, valittiin 26. joulukuuta 2010 ja tehokkaasti onnistunut häntä 26. Toukokuuta 2011.,
koska hiilivety talletukset löydettiin vuonna Mosambik vuonna 2010, Ikililou Dhoinine valtuutettu Tullow Oil suorittaa etsintä-kampanjan vuonna 2012 yrittää tunnistaa läsnäolo öljyn resursseja pois saaristossa. Tämä mahdollisuus saa johtajat haaveilemaan. Maa, joka on meneillään väestörakenteen aalto, on taloudellisia vaikeuksia, puolet sen väestöstä elää köyhyysrajan alapuolella, ja jotkut kärsii nälkää. Vuoden 2016 presidentinvaaleissa valtaehdokkaana on hänen varapresidenttinsä Mohamed Ali Soilihi., Mutta tämä on ennen, jälkeen kysely, jossa käänteitä, entinen putschist Azali Assoumani kanssa 41,43% vastaan 39,67 prosenttia äänistä.
30. heinäkuuta 2018, Comorians hyväksytty kansanäänestyksellä uuden perustuslain uudistus, joka entisestään presidentin toimivaltaa, mukaan lukien, jonka avulla hän voi suorittaa kaksi peräkkäistä toimikautta. Uudistuksessa kannatettiin myös varapresidentin viran lakkauttamista ja kumottiin perustuslakituomioistuin korkeimman oikeuden hyväksi.