1997 förklarade Anjouan och Mohéli ensidigt sin självständighet från Islamiska förbundsrepubliken Komorerna och ville ansluta sig till Frankrike, men Frankrike vägrade. Detta utbrytningsförsök ledde till ett embargo som leddes av RFIC och OAU. Medan 1998, under OAU: s beskydd, accepterade Mohéli återigen Moronis auktoritet, vägrade Anjouan fortfarande.,
i februari 1999, Överste Azali Assoumani tog makten över Grande Comore genom att störta tadzjikiska tillfällig president ben säger Massounde, en Anjouan, vilket orsakar en allvarlig institutionell kris. Överste Assoumani för mer fruktbara förhandlingar med överste Mohamed Bacar i Anjouan för att lösa krisen.denna kris kommer att lösas genom undertecknandet av fomboni-avtalen från 2000/2001 och folkomröstningen den 23 December 2001., Med denna process av nationell försoning bildar de tre öarna än en gång en enhet med en ny konstitution under OAU : s beskydd: Komorernas Union. I enlighet med konstitutionen hölls val 2006, som vann av Ahmed Abdallah Mohamed Sambi.
år 2007 sökte Mohamed Bacar, ordförande för Anjouan sedan 2002, återigen självständighet för ön, efter att han just hade vunnit det roterande ordförandeskapet i unionen, som ifrågasattes av Grande Comore., Den 23 mars 2008 skickade Komorernas president Ahmed Abdallah Mohamed Sambi landets armé, med stöd av Afrikanska unionen, för att inleda ett angrepp på ön Anjouan. Huvudstaden föll två dagar senare och överste Bacar flydde.
i maj 2009 kallade president Sambi Komoriska väljare för en konstitutionell folkomröstning, som godkändes av 93% av väljarna. Denna nya konstitution, som rättar till 2001, stärker unionens ordförandes befogenheter, och öarnas befogenheter blir ”guvernörer” med större autonomi., Islam blir ”statsreligion” , medan den tidigare konstitutionen definierade den endast som ”inspiratör av de regler och principer som styr Unionen Komorerna”. Och ordförandens mandatperiod förlängs med ett år. Hans efterträdare Ikililou Dhoinine, som varit hans vice ordförande sedan 2006, valdes den 26 December 2010 och efterträdde honom effektivt den 26 maj 2011.,
eftersom kolvätefyndigheter upptäcktes i Moçambique 2010 godkände Ikililou Dhoinine Tullow Oil att genomföra en prospekteringskampanj 2012 för att försöka upptäcka närvaron av oljeresurser utanför skärgården. Denna möjlighet gör ledare dröm. Landet, som genomgår en demografisk ökning, upplever ekonomiska svårigheter, hälften av befolkningen lever under fattigdomsgränsen och vissa lider av hunger. I presidentvalet 2016 är kandidaten till makten hans vicepresident Mohamed Ali Soilihi., Men den här är framåt, efter en undersökning med vändningar, av den tidigare putschisten Azali Assoumani med 41,43% mot 39,67% av omröstningen.
den 30 juli 2018 godkände Komorerna en ny konstitutionell reform i en folkomröstning som ytterligare stärkte presidentens befogenheter, inklusive att låta honom springa i två på varandra följande termer. Denna reform stödde också avskaffandet av posten som vice ordförande och avskaffade författningsdomstolen till förmån för Högsta domstolen.