1997-ben Anjouan és Mohéli egyoldalúan kikiáltották függetlenségüket A Comore-szigeteki Iszlám Szövetségi Köztársaságtól, és csatlakozni akartak Franciaországhoz, de Franciaország elutasította. Az elszakadási kísérlet az RFIC és az OAU által vezetett embargóhoz vezetett. Míg 1998-ban az OAU égisze alatt Mohéli ismét elfogadta Moroni hatalmát, Anjouan még mindig elutasította.,
1999 februárjában Azali Assoumani ezredes átvette a hatalmat Grande Comore felett, amikor megdöntötte a tádzsik ideiglenes elnököt, ben said Massounde-t, egy Anjouan-t, súlyos intézményi válságot okozva. Assoumani ezredes gyümölcsözőbb tárgyalásokat folytat az Anjouai Mohamed Bacar ezredessel a válság megoldása érdekében.
ezt a válságot a 2000/2001-es fomboni megállapodások aláírásával és a 2001.December 23-i népszavazással oldják meg., Ezzel a nemzeti megbékélési folyamattal a három sziget ismét egy új alkotmányt alkot az OAU égisze alatt : a Comore-szigetek Unióját. Az alkotmánynak megfelelően 2006-ban választásokat tartottak, amelyeket Ahmed Abdallah Mohamed Sambi nyert.
2007-ben Mohamed Bacar, az Anjouan elnöke 2002 óta ismét függetlenséget kért a sziget számára, miután éppen megnyerte a Grande Comore által vitatott Unió soros elnökségét., 2008.március 23-án Ahmed Abdallah Mohamed Sambi, a Comore-szigetek elnöke elküldte az ország hadseregét, amelyet az Afrikai Unió támogatott, hogy támadást indítson Anjouan szigetén. A főváros két nappal később elesett és Bacar ezredes elmenekült.
2009 májusában Sambi elnök alkotmányos népszavazásra hívta a Comore-szigeteki szavazókat, amelyet a szavazók 93% – a hagyott jóvá. Ez az új alkotmány, amely korrigálja a 2001-es alkotmányt, megerősíti az Unió elnökének hatáskörét, a szigetek nagyobb autonómiával rendelkező “kormányzókká” válnak., Az iszlám “állami vallássá” válik, míg az előző alkotmány csak “a Comore-szigetek egyesülését szabályozó szabályok és elvek inspirálójaként” határozta meg. Az elnök hivatali ideje pedig egy évvel meghosszabbodik. Utódját, Ikililou Dhoinine-t, aki 2006 óta volt az alelnöke-2010.December 26-án választották meg, és 2011. május 26-án ténylegesen ő lett az utódja.,
mivel a szénhidrogén-lerakódásokat Mozambikban fedezték fel 2010-ben, az Ikililou Dhoinine felhatalmazta a Tullow Oil-t, hogy 2012-ben kutatási kampányt folytasson az olajkészletek jelenlétének kimutatására a szigetcsoporton kívül. Ez a kilátás teszi vezetők álom. Az ország, amelynek demográfiai hulláma van, gazdasági nehézségekkel küzd, lakosságának fele a szegénységi küszöb alatt él, néhányan éhségtől szenvednek. A 2016-os elnökválasztáson a hatalom jelöltje Mohamed Ali Soilihi alelnöke., De ez egy előre, miután egy közvélemény-kutatás fordulat, az egykori putschist Azali Assoumani a 41,43% ellen 39,67% a szavazás,.
2018.július 30-án a Komoriak népszavazással jóváhagytak egy új alkotmányos reformot, amely tovább erősítette az elnök hatáskörét, beleértve azt is, hogy két egymást követő ciklusban indulhasson. Ez a reform is támogatta az alelnöki poszt eltörlését, és eltörölte az Alkotmánybíróságot a Legfelsőbb Bíróság javára.