nel 1997, Anjouan e Mohéli dichiararono unilateralmente la loro indipendenza dalla Repubblica Federale Islamica delle Comore e desideravano unirsi alla Francia, ma la Francia rifiutò. Questo tentativo di secessione portò ad un embargo guidato dalla RFIC e dall’OUA. Mentre nel 1998, sotto l’egida dell’OUA, Mohéli accettò nuovamente l’autorità di Moroni, Anjouan rifiutò ancora.,
nel febbraio 1999, il colonnello Azali Assoumani prese il potere sulla Grande Comore rovesciando il presidente ad interim tagiko ben said Massounde, Anjouan, causando una grave crisi istituzionale. Il colonnello Assoumani sta portando avanti negoziati più fruttuosi con il colonnello Mohamed Bacar di Anjouan per risolvere la crisi.
questa crisi si risolverà con la firma degli accordi fomboni del 2000/2001 e il referendum del 23 dicembre 2001., Con questo processo di riconciliazione nazionale, le tre isole formano ancora una volta un’entità con una nuova costituzione sotto l’egida dell’OUA : l’Unione delle Comore. In conformità con la costituzione, le elezioni si sono tenute nel 2006, che sono state vinte da Ahmed Abdallah Mohamed Sambi.
nel 2007, Mohamed Bacar, presidente di Anjouan dal 2002, ha nuovamente cercato l’indipendenza per l’isola, dopo aver appena vinto la presidenza di turno dell’Unione, contestata dalla Grande Comore., Il 23 marzo 2008, il presidente delle Comore Ahmed Abdallah Mohamed Sambi ha inviato l’esercito del paese, sostenuto dall’Unione Africana, a lanciare un assalto all’isola di Anjouan. La capitale cadde due giorni dopo e il colonnello Bacar fuggì.
nel maggio 2009, il presidente Sambi ha convocato gli elettori delle Comore per un referendum costituzionale, che è stato approvato dal 93% degli elettori. Questa nuova costituzione, correggendo quella del 2001, rafforza i poteri del presidente dell’Unione, quelli delle isole diventando “governatori” con maggiore autonomia., L’Islam diventa “religione di stato”, mentre la precedente Costituzione lo definiva solo come “ispiratore delle regole e dei principi che governano l’Unione delle Comore”. E il mandato del presidente è prorogato di un anno. Il suo successore Ikililou Dhoinine, che era stato il suo vicepresidente dal 2006, è stato eletto il 26 dicembre 2010 e gli è succeduto di fatto il 26 maggio 2011.,
dal momento che i giacimenti di idrocarburi sono stati scoperti in Mozambico nel 2010, Ikililou Dhoinine ha autorizzato Tullow Oil a condurre una campagna di prospezione nel 2012 per cercare di rilevare la presenza di risorse petrolifere al largo dell’arcipelago. Questa prospettiva fa sognare i leader. Il paese, che sta attraversando un’ondata demografica, sta vivendo difficoltà economiche, metà della sua popolazione vive al di sotto della soglia di povertà e alcuni soffrono la fame. Nelle elezioni presidenziali del 2016, il candidato del potere è il suo vice presidente Mohamed Ali Soilihi., Ma questo è in vantaggio, dopo un sondaggio con colpi di scena, dall’ex putschist Azali Assoumani con 41,43% contro 39,67% dei voti,.
il 30 luglio 2018, le Comore hanno approvato tramite referendum una nuova riforma costituzionale che ha ulteriormente rafforzato i poteri del presidente, tra cui quello di consentirgli di candidarsi per due mandati consecutivi. Questa riforma ha anche approvato l’abolizione della carica di vicepresidente e abolito la Corte costituzionale a favore della Corte Suprema.