i 1997, Anjouan og Mohéli ensidig erklærte sin uavhengighet fra den Islamske Føderale Republikken Komorene og ønsket å delta i Frankrike, men Frankrike nektet. Dette er et forsøk på løsrivelse førte til en embargo ledet av RFIC og OAU. Mens i 1998, under ledelse av OAU, Mohéli igjen akseptert Moronis myndighet, Anjouan fortsatt nektet.,
i februar 1999, Oberst Azali Assoumani tok makten over Grande Comore ved å styrte tadsjikisk midlertidig president ben sa Massounde, en Anjouan, forårsaker en alvorlig institusjonell krise. Oberst Assoumani arbeider mer fruktbare forhandlinger med Oberst Mohamed Bacar av Anjouan å løse krisen.
denne krisen vil bli løst med signeringen av fomboni-avtalen fra 2000/2001 og folkeavstemning av 23 desember 2001., Med denne prosessen med nasjonal forsoning, de tre øyene igjen danner en enhet med en ny grunnlov i regi av OAU : Union av Komorene. I samsvar med grunnloven, valgene ble holdt i 2006, som ble vunnet av Ahmed Abdallah Mohamed Sambi.
i 2007, Mohamed Bacar, president i Anjouan siden 2002, og igjen søkte uavhengighet for øya, etter at han nettopp hadde vunnet den roterende formannskapet i eu, påklaget av Grande Comore., 23. Mars 2008, president i Komorene Ahmed Abdallah Mohamed Sambi sendt landets hær, støttes av den Afrikanske Union, for å lansere et angrep på øya Anjouan. Hovedstaden falt to dager senere og Oberst Bacar flyktet.
i Mai 2009, president Sambi kalt Comorian velgerne for en folkeavstemningen, som ble godkjent av 93% av velgerne. Denne nye grunnloven, korrigering av 2001, styrker makten til presidenten i Unionen, de av øyene blir «guvernører» med større autonomi., Islam blir » statens religion «, mens den forrige Grunnloven definert det bare som » inspirer av regler og prinsipper som styrer Union av Komorene «. Og den perioden av office of the president er utvidet til ett år. Hans etterfølger Ikililou Dhoinine, som hadde vært hans vice-president siden 2006, ble valgt på 26 desember 2010 og effektivt lyktes ham 26. Mai 2011.,
siden hydrokarbonforekomster ble oppdaget i Mosambik i 2010, Ikililou Dhoinine autorisert Tullow Oil skal gjennomføre en prospektering kampanje i 2012 for å prøve å oppdage tilstedeværelsen av oljeressursene av øygruppen. Dette prospektet gjør ledere drøm. Landet, som opplever en demografisk bølge, opplever økonomiske vanskeligheter, halvparten av befolkningen lever under fattigdomsgrensen, og noen lider av sult. I 2016 presidentvalget, kandidaten av makt er hans vice president Mohamed Ali Soilihi., Men dette er i forkant, etter en avstemning med vendinger, som tidligere putschist Azali Assoumani med 41,43% mot 39,67% av stemmene.
på 30 juli 2018, Comorians godkjent en ny konstitusjonell reform i en folkeavstemning som ytterligere styrket president krefter, blant annet slik at han skal kjøre for to etterfølgende perioder. Denne reformen også godkjent avskaffelse av stillingen som vice-president og avskaffet den Konstitusjonelle Domstolen i dom av Høyesterett.