articol detaliat: invazia Anjouan în 2008.în 2007, Mohamed Bacar, președintele Anjouan din 2002, a căutat din nou independența insulei, după ce tocmai câștigase Președinția rotativă a Uniunii, contestată de Grande Comore., La 23 martie 2008, președintele Comorelor, Ahmed Abdallah Mohamed Sambi, a trimis armata țării, sprijinită de Uniunea Africană, să lanseze un atac asupra insulei Anjouan. Capitala a căzut două zile mai târziu și colonelul Bacar a fugit. în mai 2009, Președintele Sambi a chemat alegătorii comorieni pentru un referendum constituțional, care a fost aprobat de 93% dintre alegători. Această nouă constituție, corectând-o pe cea din 2001, întărește puterile președintelui Uniunii, cele ale insulelor devenind „guvernatori” cu o autonomie mai mare., Islamul devine „religie de stat”, în timp ce Constituția anterioară a definit-o doar ca „inspirator al regulilor și principiilor care guvernează Uniunea Comorelor”. Iar mandatul președintelui este prelungit cu un an. Succesorul său Ikililou Dhoinine, care a fost vicepreședinte al acestuia din 2006, a fost ales la 26 decembrie 2010 și i-a succedat efectiv la 26 mai 2011., deoarece depozitele de hidrocarburi au fost descoperite în Mozambic în 2010, Ikililou Dhoinine a autorizat Tullow Oil să desfășoare o campanie de prospectare în 2012 pentru a încerca să detecteze prezența resurselor petroliere în afara arhipelagului. Această perspectivă îi face pe lideri să viseze. Țara, care trece printr-o creștere demografică, se confruntă cu dificultăți economice, jumătate din populația sa trăiește sub pragul sărăciei, iar unii suferă de foame. În alegerile prezidențiale din 2016, candidatul puterii este vicepreședintele său Mohamed Ali Soilihi., Dar acest unul este înainte, după un sondaj de opinie cu răsturnări de situație, de către fostul pucistul Azali Assoumani cu 41,43% împotriva 39,67% din voturi,.la 30 iulie 2018, Comorienii au aprobat prin referendum o nouă reformă constituțională care a consolidat și mai mult puterile președintelui, inclusiv permițându-i să candideze pentru două mandate consecutive. Această reformă a aprobat, de asemenea, desființarea funcției de vicepreședinte și a desființat Curtea Constituțională în favoarea Curții Supreme.