en 1997, Anjouan y Mohéli declararon unilateralmente su independencia de la República Federal Islámica de las Comoras y desearon unirse a Francia, pero Francia se negó. Este intento de Secesión condujo a un embargo dirigido por la RFIC y la OUA. Mientras que en 1998, bajo la égida de la OUA, Mohéli aceptó de nuevo la Autoridad de Moroni, Anjouan se negó.,
en febrero de 1999, el Coronel Azali Assoumani tomó el poder sobre la Gran Comora derrocando al presidente interino tayiko ben said Massounde, an Anjouan, causando una grave crisis institucional. El coronel Assoumani está celebrando negociaciones más fructíferas con el Coronel Mohamed Bacar de Anjouan para resolver la crisis.
esta crisis se resolverá con la firma de los acuerdos de fomboni de 2000/2001 y el referéndum del 23 de diciembre de 2001., Con este proceso de reconciliación nacional, las tres islas vuelven a formar una entidad con una nueva Constitución bajo los auspicios de la OUA : la Unión de las Comoras. In accordance with the constitution, elections were held in 2006, which were won by Ahmed Abdallah Mohamed Sambi.
en 2007, Mohamed Bacar, presidente de Anjouan desde 2002, una vez más buscó la independencia de la isla, después de que acababa de ganar la presidencia rotatoria de la Unión, disputada por la Gran Comora., El 23 de marzo de 2008, el presidente de las Comoras Ahmed Abdallah Mohamed Sambi envió al ejército del país, con el apoyo de la Unión Africana, para lanzar un ataque contra la isla de Anjouan. La capital cayó dos días después y el Coronel Bacar huyó.
en mayo de 2009, el presidente Sambi convocó a los votantes comoranos para un referéndum constitucional, que fue aprobado por el 93% de los votantes. Esta nueva Constitución, que corrige la de 2001, refuerza los poderes del presidente de la Unión, convirtiéndose los de las islas en «gobernadores» con mayor autonomía., El Islam se convierte en «religión de Estado», mientras que la Constitución anterior lo definía únicamente como «inspirador de las normas y principios que rigen la Unión de las Comoras». Y el mandato del presidente se prorroga por un año. Su sucesor Ikililou Dhoinine, que había sido su vicepresidente desde 2006, fue elegido el 26 de diciembre de 2010 y lo sucedió efectivamente el 26 de mayo de 2011.,
desde que se descubrieron depósitos de hidrocarburos En Mozambique En 2010, Ikililou Dhoinine autorizó a Tullow Oil a realizar una campaña de prospección en 2012 para tratar de detectar la presencia de recursos petroleros frente al archipiélago. Esta perspectiva hace soñar a los líderes. El país, que está sufriendo una oleada demográfica, está experimentando dificultades económicas, la mitad de su población vive por debajo de la línea de pobreza, y algunos sufre de hambre. En las elecciones presidenciales de 2016, el candidato del poder es su vicepresidente Mohamed Ali Soilihi., Pero este está por delante, después de una encuesta con giros, por el ex golpista Azali Assoumani con 41,43% contra 39,67% de los votos,.
el 30 de julio de 2018, Los comoranos aprobaron una nueva reforma constitucional en un referéndum que fortaleció aún más los poderes del presidente, lo que incluyó permitirle postularse para dos mandatos consecutivos. Esta reforma también respaldó la abolición del cargo de vicepresidente y abolió el Tribunal Constitucional en favor del Tribunal Supremo.