Flying Star Cafe ensimmäinen paikka avattiin vuonna 1987, Central Avenue Nob Hillin alueella Albuquerque, lähellä University of New Mexico campus. Tuolloin se sai nimen Double Rainbow, sillä se oli samannimisen San Franciscon jäätelöketjun franchising-yrittäjä. Molemmat yritykset ovat tehneet sopimuksen, joka koskee yhteistä nimen käyttöä, mutta lopulta Albuquerque sijainti halusi laajentaa toimintaansa ruokaa ravintoloita ja sopimus oli revisited; seurauksena, Double Rainbow Albuquerque muutti nimensä Flying Star Cafe., Nimeä etsiessään he kävivät läpi 300 eri vaihtoehtoa, ja lopulta nimi Flying Star tuli kiinalaisesta sähikäinen-lehdestä.
nimellä Double Rainbow, he avasivat vielä kaksi paikkaa. Yksi sijaitsee Albuquerquen koillispuolella Juan Tabo Boulevardilla, joka avattiin vuonna 1995. Kolmas, vuonna 2000 avattu paikka sijaitsee lähellä Albuquerquen Uptown-aluetta Menaul Boulevardilla. Nimen muutos Double Rainbow Flying Star tapahtui, kun neljänneksi sijainti avattu vuonna 2001, Pohjois-Rio Grande Valley., Tässä paikassa on hevosen iskupylväs, jonka avulla asiakkaat voivat vierailla Flying Starin luona hevosen selässä. Tällä paikalla on myös suuri Petio – ulkoilualue, jossa asiakkaat voivat syödä lemmikkiensä rinnalla. Viides paikka avattiin vuonna 2005, keskustan Albuquerquen alueella. Tämä rakennus tarjosi nyt jälleen uuden ominaisuuden – kokoushuoneen keskustan liikelounaille. Vuonna 2006 Corralesiin avattiin toinen paikka, ja vuonna 2007 Paseo del Norten edustalle avattiin toinen Northeast Heights-paikka. Vuonna 2008 Flying Star laajeni kaupungin rajojen ulkopuolelle ja avasi ensimmäisen sijaintinsa Bernalillossa., Seuraavana vuonna Flying Star avasi jälleen uuden myymälän Santa Fen Rautatiealueelle New Mexicoon.
Vuodesta 1987, Flying Star on nyt laajentunut seitsemällä paikkakunnalla Albuquerquessa, jossa on neljä enemmän paikkakunnalla Bernalillo, Corrales, ja Santa Fe. Keskustan Albuquerquen paikalla sijaitsee entinen Southern Union Gas Company Building, joka on listattu National Register of Historic Places-rekisteriin.
Albuquerquessa suosittu kahvilaketju Satellite Coffee on Flying Star Cafen sisaryhtiö. Flying Star Cafe sijainnit palvelevat Satelliitti kahvia.