En 1997, Anjouan et Mohéli proclament unilatéralement leur indépendance de la République fédérale islamique des Comores et souhaitent leur rattachement à la France, mais cette dernière refuse. Cette tentative de sécession entraîne un embargo mené par la RFIC et l’OUA. Alors qu’en 1998, sous l’égide de l’OUA, Mohéli accepte de nouveau l’autorité de Moroni, Anjouan refuse toujours.,
En février 1999, le colonel Azali Assoumani prend le pouvoir sur la Grande Comore en renversant le président intérimaire Tadjidine ben Saïd Massounde, un Anjouanais ; ce qui provoque une grave crise institutionnelle. Le colonel Assoumani poursuit des négociations plus fructueuses avec le colonel Mohamed Bacar d’Anjouan afin de résoudre la crise.
Cette crise sera résolue avec la signature des accords de Fomboni de 2000/2001 et le référendum du 23 décembre 2001., Avec ce processus de réconciliation nationale, les trois îles forment à nouveau une entité avec une nouvelle constitution sous l’égide de l’OUA : l’Union des Comores. Conformément à la constitution, des élections sont organisées en 2006 qui ont été remportées par Ahmed Abdallah Mohamed Sambi.
En 2007, Mohamed Bacar, président d’Anjouan depuis 2002, cherche de nouveau à obtenir l’indépendance de l’île, alors qu’il vient d’emporter la présidence tournante de l’Union, contestée par la Grande Comore., Le 23 mars 2008, le président des Comores Ahmed Abdallah Mohamed Sambi envoie l’armée du pays, appuyée par l’Union africaine, lancer un assaut contre l’île d’Anjouan. La capitale tombe deux jours plus tard et le colonel Bacar prend la fuite.
En mai 2009, le président Sambi convoque les électeurs comoriens pour un référendum constitutionnel, qui est approuvé par 93 % des votants. Cette nouvelle constitution, corrigeant celle de 2001, renforce les pouvoirs du président de l’Union, ceux des îles devenant des » gouverneurs » avec une plus large autonomie., L’islam devient » religion d’État « , alors que la Constitution précédente le définissait seulement comme » inspirateur des règles et principes qui régissent l’Union des Comores « . Et le mandat du président est prolongé d’un an. Son successeur Ikililou Dhoinine, qui était son vice-président depuis 2006, est élu le 26 décembre 2010 et lui succède effectivement le 26 mai 2011.,
Des gisements d’hydrocarbures ayant été découverts au Mozambique en 2010, Ikililou Dhoinine autorise en 2012 la compagnie Tullow Oil à mener une campagne de prospection pour tenter de déceler la présence de ressources pétrolières au large de l’archipel. Cette perspective fait rêver les dirigeants. Le pays, soumis à une poussée démographique, connaît des difficultés économiques, la moitié de sa population vit au-dessous du seuil de pauvreté, et pour partie souffre de la faim. Lors de la présidentielle de 2016, le candidat du pouvoir est son vice-président Mohamed Ali Soilihi., Mais celui-ci est devancé, après un scrutin à rebondissements, par l’ancien putschiste Azali Assoumani avec 41,43% contre 39,67 % des suffages,.
Le 30 juillet 2018, les Comoriens approuvent par référendum une nouvelle réforme constitutionnelle qui renforce encore les pouvoirs du président, l’autorisant notamment à briguer deux mandats consécutifs. Cette réforme entérine également la suppression du poste de vice-président et supprime la cour constitutionnelle au profit de la Cour suprême.