1997 erklären Anjouan und Mohéli einseitig Ihre Unabhängigkeit von der islamischen Bundesrepublik Komoren und wollen Ihre Verbindung zu Frankreich, doch dieses weigert sich. Dieser Versuch der Abspaltung führt zu einem embargo von RFIC und OAU. Während Mohéli 1998 unter der Schirmherrschaft der OAU die Autorität von Moroni wieder annimmt, weigert sich Anjouan immer noch.,
im Februar 1999 übernahm Oberst Azali Assumani die macht über die Grande Comore, indem er den Tadschidinen Interimspräsidenten ben said Massounde, einen Anjuaner, stürzte, was zu einer schweren institutionellen Krise führte. Oberst Assumani führt erfolgreichere Verhandlungen mit Oberst Mohamed Bacar D ‚ Anjouan, um die Krise zu lösen.
diese Krise wird mit der Unterzeichnung der Fomboni-Abkommen von 2000/2001 und dem Referendum vom 23.Dezember 2001 gelöst., Mit diesem Prozess der nationalen Aussöhnung bilden die drei Inseln wieder eine Einheit mit einer neuen Verfassung unter der Schirmherrschaft der OAU : die Union der Komoren. Gemäß der Verfassung finden 2006 Wahlen statt, die von Ahmed Abdallah Mohamed Sambi gewonnen wurden.
2007 strebt Mohamed Bacar, seit 2002 Präsident von Anjouan, erneut die Unabhängigkeit Der Insel an, als er gerade die von der Grande Comore umstrittene rotierende Präsidentschaft der Union übernommen hat., Am 23. März 2008 schickt der Präsident der Komoren Ahmed Abdallah Mohamed Sambi die Armee des Landes, unterstützt von der afrikanischen Union, zu einem Angriff auf die Insel Anjouan. Die Hauptstadt fällt zwei Tage später und Oberst Bacar ergreift die Flucht.
im mai 2009 ruft Präsident Sambi die komorischen Wähler zu einem Verfassungsreferendum ein, das von 93% der stimmberechtigten angenommen wird. Diese neue Verfassung, die die Verfassung von 2001 korrigiert, stärkt die Befugnisse des Präsidenten der Union, wobei die der Inseln zu „Gouverneuren“ mit größerer autonomie werden., Der islam wird zur „Staatsreligion“, während die Vorherige Verfassung ihn nur als „Inspirator der Regeln und Prinzipien, die die Union der Komoren Regeln“ definierte. Und die Amtszeit des Präsidenten wird um ein Jahr verlängert. Sein Nachfolger Ikililou Dhoinine, der seit 2006 sein Vizepräsident war, wurde am 26.Dezember 2010 gewählt und tritt am 26. mai 2011 seine Nachfolge an.,
Der lagerstätten von kohlenwasserstoffen, die entdeckt worden, Mosambik, 2010, Eu-Gesetz zulässt, im jahr 2012, die firma Tullow Oil zu führen, erschließungsarbeiten, um zu versuchen zu erkennen die anwesenheit von ölvorkommen vor der küste des archipels. Diese Perspektive lässt die Führer träumen. Das Land, das einem demografischen Aufschwung ausgesetzt ist, hat wirtschaftliche Schwierigkeiten, die Hälfte seiner Bevölkerung lebt unterhalb der Armutsgrenze und leidet zum Teil unter Hunger. Bei der Präsidentschaftswahl 2016 ist der Kandidat der macht sein Vizepräsident Mohamed Ali Soilihi., Dieser wurde jedoch nach einer Abstimmung mit Wendungen vom ehemaligen Putschisten Azali Assumani mit 41,43% gegen 39,67% der suffages überholt.
am 30.Juli 2018 Billigen die Komoren in einem Referendum eine neue Verfassungsreform, die die Befugnisse des Präsidenten weiter stärkt und ihm unter anderem erlaubt, zwei aufeinanderfolgende Mandate zu übernehmen. Mit dieser Reform wird auch die Streichung des vizepräsidentenpostens bestätigt und das Verfassungsgericht zugunsten des obersten Gerichtshofs abgeschafft.