Flying Star Café fue inaugurado en 1987 en la Avenida Central en el área de Nob Hill De Albuquerque, cerca del campus de la Universidad de Nuevo México. En ese momento se llamaba Double Rainbow, ya que era una franquicia de la cadena de helados de San Francisco del mismo nombre. Las dos empresas llegaron a un acuerdo sobre el uso común del nombre, pero finalmente la ubicación de Albuquerque quería ramificarse en restaurantes de comida y el Acuerdo fue revisado; como resultado, Double Rainbow en Albuquerque cambió su nombre a Flying Star Café., Al buscar un nombre, tomaron más de 300 opciones diferentes, y finalmente el nombre Flying Star vino de una revista china de petardos.
como Double Rainbow, abrieron dos ubicaciones más. Uno se encuentra en las alturas noreste de Albuquerque en el Bulevar Juan Tabo, inaugurándose en 1995. La tercera ubicación, inaugurada en 2000, se encuentra cerca de la zona alta de Albuquerque, en Menaul Boulevard. El cambio de nombre de Double Rainbow a Flying Star ocurrió cuando la cuarta ubicación abrió sus puertas en 2001, en el norte del Valle del Río Grande., Esta ubicación cuenta con un poste de enganche de caballos, lo que permite a los clientes visitar Flying Star a caballo. Esta ubicación también tiene un gran Petio, un área al aire libre donde los clientes pueden comer junto a sus mascotas. La quinta ubicación abrió sus puertas en 2005, en el Centro de la zona de Albuquerque. Este edificio ahora ofrece otra nueva característica: una sala de conferencias para almuerzos de negocios en el centro. En 2006, otra ubicación abrió en Corrales, y en 2007, otra ubicación de Northeast Heights abrió en Paseo del Norte. En 2008, Flying Star se expandió fuera de los límites de la ciudad, abriendo su primera ubicación en Bernalillo., Al año siguiente, Flying Star abrió otra tienda en el distrito Railyard de Santa Fe, Nuevo México.
desde 1987, Flying Star se ha expandido a siete ubicaciones en Albuquerque, con cuatro ubicaciones más en Bernalillo, Corrales y Santa Fe. La ubicación del Centro de Albuquerque se encuentra en el antiguo edificio de Southern Union Gas Company, que figura en el Registro Nacional de Lugares históricos.
Satellite Coffee, una popular cadena de cafés en Albuquerque, es la compañía hermana de Flying Star Café. Las ubicaciones de Flying Star Café sirven café satelital.